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万見
- PDB-8pq8: Sak Single Strand Annealing Protein from Staphylococcal Bacteriop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pq8
タイトルSak Single Strand Annealing Protein from Staphylococcal Bacteriophage 80a - dCTD
要素Topoisomerase
キーワードRECOMBINATION / Annealase / SSAP / Single Strand Annealing / Single Strand Binding / Recombineering / SaPI / Bacteriophage / Staphylococcal / Complex / SaPI induction / SaPI2 / Mobile Genetic Element / MGE / PICI / Phage-Inducible Chromosomal Island / C18 / Ring
機能・相同性Single-strand annealing protein SAK3 / Protein of unknown function (DUF1071) / isomerase activity / Topoisomerase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Debiasi-Anders, G. / Mir-Sanchis, I.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Phage parasites targeting phage homologous recombinases provide antiviral immunity.
著者: Gianluca Debiasi-Anders / Cuncun Qiao / Amrita Salim / Na Li / Ignacio Mir-Sanchis /
要旨: Bacteria often carry multiple genes encoding anti-phage defense systems, clustered in defense islands and phage satellites. Various unrelated anti-phage defense systems target phage-encoded ...Bacteria often carry multiple genes encoding anti-phage defense systems, clustered in defense islands and phage satellites. Various unrelated anti-phage defense systems target phage-encoded homologous recombinases (HRs) through unclear mechanisms. Here, we show that the phage satellite SaPI2, which does not encode orthodox anti-phage defense systems, provides antiviral immunity mediated by Stl2, the SaPI2-encoded transcriptional repressor. Stl2 targets and inhibits phage-encoded HRs, including Sak and Sak4, two HRs from the Rad52-like and Rad51-like superfamilies. Remarkably, apo Stl2 forms a collar of dimers oligomerizing as closed rings and as filaments, mimicking the quaternary structure of its targets. Stl2 decorates both Sak rings and Sak4 filaments. The oligomerization of Stl2 as a collar of dimers is necessary for its inhibitory activity both in vitro and in vivo. Our results shed light on the mechanisms underlying antiviral immunity against phages carrying divergent HRs.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4181
ポリマ－19,4181
非ポリマー00
水1629
1
A: Topoisomerase
x 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,51718
ポリマ－349,51718
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation17

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase / Sak Single-Strand Annealing Protein


分子量: 19417.621 Da / 分子数: 1 / 変異: Truncation of CTD at N142 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
Cell (発現宿主): NA / 器官 (発現宿主): NA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): NA / 参照: UniProt: C8CGY8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 18-mer ring cryoEM structure of the 80a-Sak NTD in apo state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.46 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ) / 細胞内の位置: NA / 器官: NA / Organelle: NA / 組織: NA
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8.1 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.6, 100mM NaCl, 1mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HCl pH 7.6Tris-HCl1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.99 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4344

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU2.13.0画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正CTF correct on-the-fly with cryoSPARC Live
7UCSF ChimeraX1.4モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1モデル精密化
10Coot0.9.8.4 ELモデル精密化
11cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.2.1３次元再構成Local refinement job after symmetry expansion
CTF補正詳細: CTF correction was applied on-the-fly during data collection with CryoSPARC Live.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C18 (18回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75703
詳細: Symmetry expanded to C18, multiplying the stack by 18, from 75703 to 1365300 particles.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Fitting of the truncated AlphaFold prediction was done with ChimeraX and then subjected to real space refinement in PHENIX. The output was then repeatedly adjusted with Coot and verified in PHENIX.
原子モデル構築Chain residue range: 1-141
詳細: AlphaFold prediction was done locally. CTD residues of the full-length AlphaFold prediction were deleted before fiting with ChimeraX.
Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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