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- PDB-8qd5: AntI Ser245DHA (PSF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qd5
タイトルAntI Ser245DHA (PSF)
要素Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
キーワードLYASE / Natural Product Biosynthesis / Polyketide Synthase System / alpha / beta-Hydrolase Fold / Polyketide Shortening / Retro Claisen Reaction
機能・相同性Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold / ACETATE ION / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schmalhofer, M. / Vagstad, A.L. / Zhou, Q. / Bode, H.B. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 1309 - 325871075 ドイツ
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024
タイトル: Polyketide Trimming Shapes Dihydroxynaphthalene-Melanin and Anthraquinone Pigments.
著者: Schmalhofer, M. / Vagstad, A.L. / Zhou, Q. / Bode, H.B. / Groll, M.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3475
ポリマ－46,0081
非ポリマー3384
水5,314295
1
A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
ヘテロ分子

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,69410
ポリマ－92,0172
非ポリマー6778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area5270 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.570, 154.600, 91.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

21A-602-

HOH

31A-787-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17


分子量: 46008.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu4186 / プラスミド: pColaDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT8

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非ポリマー , 5種, 299分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 100 mM HEPES pH 7.1, 0.1 M NaAc pH 6.6, 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35748 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5333 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→44.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 4.122 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19597 1787 5 %RANDOM
Rwork0.16157 ---
obs0.16332 33957 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.92 Å20 Å20 Å2
2---19.8 Å2-0 Å2
3---23.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 22 295 3322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.6234217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1911.5736542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6965380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24423.148162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54215502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5131512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1232.241512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1052.2381510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4613.361888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4623.3611889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1082.4141601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1082.4151602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4423.5562328
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.41927.8643659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.19727.0853586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.7735953
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 131 -
Rwork0.273 2486 -
obs--99.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1206 Å / Origin y: 17.2749 Å / Origin z: 94.2432 Å
111213212223313233
T0.0163 Å2-0.0064 Å2-0.0055 Å2-0.0868 Å2-0.0054 Å2--0.0236 Å2
L0.9917 °20.1375 °2-0.273 °2-1.312 °2-0.1385 °2--1.2909 °2
S-0.0148 Å °0.0088 Å °0.1427 Å °-0.0119 Å °0.0174 Å °-0.0245 Å °-0.1343 Å °0.0373 Å °-0.0026 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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