PDB-8qd1: Ayg1p from A. fumigatus catalyzes polyketide shortening in the bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qd1

タイトル

Ayg1p from A. fumigatus catalyzes polyketide shortening in the biosynthesis of DHN-melanin

要素

Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

キーワード

LYASE / Natural Product Biosynthesis / Polyketide Synthase System / alpha / beta-Hydrolase Fold / Polyketide Shortening / Retro Claisen Reaction

機能・相同性

Esterase FrsA-like / Esterase FrsA-like / : / Alpha/Beta hydrolase fold / Heptaketide hydrolyase ayg1

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schmalhofer, M. / Vagstad, A.L. / Zhou, Q. / Bode, H.B. / Groll, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024
タイトル: Polyketide Trimming Shapes Dihydroxynaphthalene-Melanin and Anthraquinone Pigments.
著者: Schmalhofer, M. / Vagstad, A.L. / Zhou, Q. / Bode, H.B. / Groll, M.

履歴

登録	2023年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qd1.cif.gz	684.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qd1.ent.gz	565.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qbhC 8qbiC 8qd2C 8qd3C 8qd4C 8qd5C 8qd6C 8qd7C 8qd8C 8qd9C 8qdaC 8qdbC 6hxa C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

B: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

C: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

D: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Asymmetric Unit cell contains four subunits
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.830, 108.480, 91.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1 分子量: 47440.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: ayg1 / プラスミド: pRSET A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UVV1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100-200 mM K/Na tartrate, 15-26% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 179315 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 28397 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.61 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19864	8937	5 %	RANDOM
R_work	0.1659	-	-	-
obs	0.16757	170348	97.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.1 Å²	-0 Å²	0.91 Å²
2-	-	32.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→46.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12383	0	0	1743	14126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	12880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	11768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.217	1.642	17621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.183	1.574	27116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.272	5	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.873	21.772	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.201	15	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.885	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	1.762	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.912	1.761	6413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.242	2.646	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.241	2.646	8027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.84	1.874	6466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.84	1.874	6467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.109	2.771	9585
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.19	22.514	15387
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.943	21.675	14913
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.466	3	24648
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	645	-
R_work	0.191	12404	-
obs	-	-	95.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7133	-0.0741	0.2169	0.3399	-0.059	1.1278	0.0196	-0.0777	0.0306	0.0245	-0.0441	-0.0138	0.0126	-0.0275	0.0244	0.0325	-0.0103	-0.0131	0.0171	0.0006	0.03	8.555	23.976	1.709
2	0.758	0.0616	0.1111	0.2347	0.0506	1.043	-0.0011	0.0653	0.0402	-0.0118	-0.0101	-0.0115	-0.0061	-0.0164	0.0111	0.0353	0.0031	-0.0081	0.0074	0.0028	0.0314	-15.324	23.826	-37.665
3	0.6811	0.0237	-0.1355	0.2074	-0.1322	1.3369	0.0063	0.0732	-0.034	-0.0298	-0.0261	-0.0056	-0.0108	0.0427	0.0199	0.0378	0.0081	0.0066	0.0393	-0.0033	0.0398	-34.176	26.923	8.375
4	0.7427	-0.0298	-0.0877	0.3082	0.0361	0.9972	0.0274	-0.0393	-0.027	0.0255	-0.0406	-0.0039	0.0051	0.009	0.0132	0.0299	-0.0058	0.0003	0.008	0.0041	0.0316	27.814	26.964	-44.248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 399
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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