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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qcl | ||||||
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タイトル | A carbohydrate esterase family 15 (CE15) glucuronoyl esterase from Phocaeicola vulgatus ATCC 8482 | ||||||
要素 | Putative acetyl xylan esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Esterase / CE15 / Glucuronoyl esterase / Bacteroidota | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold / alpha-D-glucopyranuronic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative acetyl xylan esterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Phocaeicola vulgatus ATCC 8482 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Banerjee, S. / Poulsen, J.N. / Mazurkewich, S. / Seveso, A. / Larsbrink, J. / Lo Leggio, L. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2024 タイトル: Polysaccharide utilization loci from Bacteroidota encode CE15 enzymes with possible roles in cleaving pectin-lignin bonds. 著者: Seveso, A. / Mazurkewich, S. / Banerjee, S. / Poulsen, J.-.C.N. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qcl.cif.gz | 177.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qcl.ent.gz | 137.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qcl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qcl_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qcl_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qcl_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qcl_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qcl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q6sC 8qefC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48717.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phocaeicola vulgatus ATCC 8482 (バクテリア) 遺伝子: BVU_0175 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6KWT9 #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 287分子
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20 mM NaCl, and 20-24% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9117 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9117 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.93 Å / Num. obs: 42976 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.838→1.999 Å / Num. unique obs: 2149 / CC1/2: 0.575 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→48.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.369 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.844 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.84→48.93 Å
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拘束条件 |
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