PDB-8qbr: Cryo-EM structure of Vipp1 helical filament with lattice 1 (Vipp1_L1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qbr

タイトル

Cryo-EM structure of Vipp1 helical filament with lattice 1 (Vipp1_L1)

要素

Membrane-associated protein Vipp1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Vipp1/IM30/ESCRT-III / Membrane remodeling / Cryoelectron microscopy / Helical filament structure

機能・相同性

PspA/IM30 / PspA/IM30 family / lipid binding / plasma membrane / Membrane-associated protein Vipp1

機能・相同性情報

生物種

Nostoc punctiforme (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å

データ登録者

Naskar, S. / Low, H.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism for Vipp1 spiral formation, ring biogenesis and membrane repair.
著者: Naskar, S. / Merino, A. / Espadas, J. / Singh, J. / Roux, A. / Colom, A. / Low, H.H.

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qbr.cif.gz	82.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qbr.ent.gz	64.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qbr_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qbr_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8qbr_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	8qbr_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18318MC 18319C 18321C 18322C 8qbsC 8qbvC 8qbwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Membrane-associated protein Vipp1

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane-associated protein Vipp1

x 95

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
2.28 MDa, 95 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Membrane-associated protein Vipp1 / Vesicle-inducing protein in plastids 1 / Vipp1 分子量: 23962.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 遺伝子: vipp1, Npun_R3963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J6D9

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Vipp1_L1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Nostoc punctiforme (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8.4
試料	濃度: 1.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影	電子線照射量: 1.02 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
4	RELION	4	CTF補正	CTFFIND4.1
7	UCSF ChimeraX	1.5	モデルフィッティング
12	RELION	4	３次元再構成
19	Coot		モデル精密化
20	ISOLDE		モデル精密化
21	PHENIX		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -75.860068 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.372081 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43480 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

B value: 91.05 / 空間: REAL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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