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万見
- PDB-8qa9: Crystal structure of the RK2 plasmid encoded co-complex of the C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qa9
タイトルCrystal structure of the RK2 plasmid encoded co-complex of the C-terminally truncated transcriptional repressor protein KorB complexed with the partner repressor protein KorA bound to OA-DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
  • Transcriptional repressor protein KorB
  • TrfB transcriptional repressor protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / multi-drug resistance / ParABS / clamp / CTP switch / DNA segregation / gene expression regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome segregation / chromosome / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
KorB, C-terminal / Repressor KorB domain / KorB, C-terminal domain superfamily / KorB DNA-binding domain / KorB C-terminal beta-barrel domain / KorB domain / TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / : / : ...KorB, C-terminal / Repressor KorB domain / KorB, C-terminal domain superfamily / KorB DNA-binding domain / KorB C-terminal beta-barrel domain / KorB domain / TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / : / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB N-terminal domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Transcriptional repressor, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TrfB transcriptional repressor protein / Transcriptional repressor protein KorB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者McLean, T.C. / Mundy, J.E.A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Wellcome Trust221776/Z/20/Z 英国
Royal SocietyURF/R/201020 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: KorB switching from DNA-sliding clamp to repressor mediates long-range gene silencing in a multi-drug resistance plasmid.
著者: McLean, T.C. / Balaguer-Perez, F. / Chandanani, J. / Thomas, C.M. / Aicart-Ramos, C. / Burick, S. / Olinares, P.D.B. / Gobbato, G. / Mundy, J.E.A. / Chait, B.T. / Lawson, D.M. / Darst, S.A. / ...著者: McLean, T.C. / Balaguer-Perez, F. / Chandanani, J. / Thomas, C.M. / Aicart-Ramos, C. / Burick, S. / Olinares, P.D.B. / Gobbato, G. / Mundy, J.E.A. / Chait, B.T. / Lawson, D.M. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Moreno-Herrero, F. / Le, T.B.K.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor protein KorB
B: Transcriptional repressor protein KorB
C: TrfB transcriptional repressor protein
D: TrfB transcriptional repressor protein
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,57611
ポリマ－87,0966
非ポリマー4805
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11640 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area35830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.253, 77.095, 84.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional repressor protein KorB


分子量: 26418.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallised sequence corresponds to residues 30-253 of the full 358-residue wild-type sequence appended with a C-terminal hexa-histidine tag via a short linker sequence KLAAALE.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: korB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07674
#2: タンパク質 TrfB transcriptional repressor protein


分子量: 12850.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallised sequence corresponds to the full-length 101-residue wild-type KorA protein appended with a C-terminal hexa-histidine tag via a short linker sequence KLAAALE.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trfB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03052
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4278.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic short double-stranded DNA sequence containing the KorA binding motif OA
由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→82.65 Å / Num. obs: 29438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.59 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 1.533 / Num. measured all: 45107 / Num. unique obs: 3879 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.473 / Rrim(I) all: 1.606 / Χ2: 0.21 / Net I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→82.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 30.2 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25239 1444 4.9 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.19402 27994 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å2-0.6 Å2
2--2.24 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→82.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4942 568 25 19 5554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.6717849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.521.57512054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2165633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.653545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48610905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2473.5132535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.233.5142535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0066.33167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0056.3013168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3983.9163179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1683.8783159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4136.934653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.42534.396490
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.42434.46491
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 108 -
Rwork0.393 2043 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1737-0.35020.32652.46810.00641.92960.0384-0.06490.02780.148-0.02490.05940.132-0.1308-0.01350.35690.0039-0.07230.2794-0.02550.21759.420466.168771.039
21.88510.4333-0.08272.943-0.75632.6872-0.00030.0979-0.1008-0.00530.00390.09860.2162-0.318-0.00360.31570.0455-0.15560.3108-0.13020.3156-2.284664.189152.9865
33.8383-0.3564-1.34470.23410.1020.59070.1565-0.40830.41210.2875-0.0443-0.048-0.1381-0.1029-0.11230.4995-0.0489-0.10620.6465-0.02850.532852.92775.127140.746
42.1915-0.446-1.49241.10411.98063.93580.0904-0.1757-0.1412-0.0006-0.18850.1022-0.1216-0.44080.0980.43760.0558-0.0240.38530.04440.311238.269857.624423.9139
54.93261.67260.32564.69510.10190.50120.111-0.0265-0.0241-0.097-0.3004-0.3165-0.1121-0.11830.18940.4656-0.0261-0.10060.12390.05060.265156.293362.008524.1223
63.30191.21860.12813.90550.11891.65080.1154-0.7766-0.13860.011-0.2483-0.34360.22-0.05190.13280.4129-0.0509-0.13080.20020.09730.345757.205561.113426.3204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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