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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qa8 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminally truncated transcriptional repressor protein KorB from the RK2 plasmid complexed with CTP-gamma-S | ||||||||||||
要素 | Transcriptional repressor protein KorB | ||||||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / multi-drug resistance (多剤耐性) / ParABS / clamp / CTP switch / DNA segregation / gene expression regulation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / 染色体 / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | McLean, T.C. / Mundy, J.E.A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the C-terminally truncated transcriptional repressor protein KorB from the RK2 plasmid complexed with CTP-gamma-S 著者: McLean, T.C. / Mundy, J.E.A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qa8.cif.gz | 505 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qa8.ent.gz | 415.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qa8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qa8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26418.576 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The crystallised sequence corresponds to residues 30-253 of the full 358-residue wild-type sequence appended with a C-terminal hexa-histidine tag via a short linker sequence KLAAALE. 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: korB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07674 #2: 化合物 | ChemComp-CTP / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→198.27 Å / Num. obs: 80304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.245 / Χ2: 0.43 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 1069894 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.887 / Num. measured all: 50482 / Num. unique obs: 4563 / CC1/2: 0.718 / Rpim(I) all: 0.594 / Rrim(I) all: 1.979 / Χ2: 0.18 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→121.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 20.803 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.721 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→121.28 Å
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拘束条件 |
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