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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qa4 | ||||||
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タイトル | MTHFR + SAH symmetric dis-inhibited state | ||||||
要素 | Methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / Dis-inhibited / allosteric / folate / S-adenosylhomocysteine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) / response to vitamin B2 / methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine metabolic process / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process / heterochromatin organization / S-adenosylmethionine metabolic process / Metabolism of folate and pterines ...methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) / response to vitamin B2 / methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine metabolic process / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process / heterochromatin organization / S-adenosylmethionine metabolic process / Metabolism of folate and pterines / methionine biosynthetic process / response to folic acid / tetrahydrofolate interconversion / response to amino acid / response to interleukin-1 / FAD binding / neural tube closure / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Blomgren, L.K.M. / Yue, W.W. / Froese, D.S. / McCorvie, T.J. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Dynamic inter-domain transformations mediate the allosteric regulation of human 5, 10-methylenetetrahydrofolate reductase. 著者: Linnea K M Blomgren / Melanie Huber / Sabrina R Mackinnon / Céline Bürer / Arnaud Baslé / Wyatt W Yue / D Sean Froese / Thomas J McCorvie / 要旨: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) commits folate-derived one-carbon units to generate the methyl-donor S-adenosyl-L-methionine (SAM). Eukaryotic MTHFR appends to the well-conserved ...5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) commits folate-derived one-carbon units to generate the methyl-donor S-adenosyl-L-methionine (SAM). Eukaryotic MTHFR appends to the well-conserved catalytic domain (CD) a unique regulatory domain (RD) that confers feedback inhibition by SAM. Here we determine the cryo-electron microscopy structures of human MTHFR bound to SAM and its demethylated product S-adenosyl-L-homocysteine (SAH). In the active state, with the RD bound to a single SAH, the CD is flexible and exposes its active site for catalysis. However, in the inhibited state the RD pocket is remodelled, exposing a second SAM-binding site that was previously occluded. Dual-SAM bound MTHFR demonstrates a substantially rearranged inter-domain linker that reorients the CD, inserts a loop into the active site, positions Tyr404 to bind the cofactor FAD, and blocks substrate access. Our data therefore explain the long-distance regulatory mechanism of MTHFR inhibition, underpinned by the transition between dual-SAM and single-SAH binding in response to cellular methylation status. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qa4.cif.gz | 199.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qa4.ent.gz | 153.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qa4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qa4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 18298MC 8qa5C 8qa6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75461.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P42898 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine, regulatory domains タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.15 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.0025% Tween20, 1 mM S-Adenosyl-L-homocysteine, filter sterilised |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 5.18 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5606 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1900000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105879 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 90.1 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coeficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6fcx PDB chain-ID: A / Accession code: 6fcx / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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