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- PDB-8qa2: Cryo-EM structure of Cx26 solubilised in LMNG: classification on ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qa2
タイトルCryo-EM structure of Cx26 solubilised in LMNG: classification on subunit A; Nconst-mon conformation
要素Gap junction beta-2 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Gap junction Large Pore Channel Carbon dioxide sensitive
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction ...Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction / astrocyte projection / Gap junction assembly / gap junction channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / inner ear development / decidualization / lateral plasma membrane / response to retinoic acid / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to ischemia / response to progesterone / sensory perception of sound / transmembrane transport / cell-cell signaling / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / cell body / response to lipopolysaccharide / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction beta-2 protein (Cx26) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Gap junction beta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brotherton, D.H. / Cameron, A.D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P010393/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2015-090 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structures of wild-type and a constitutively closed mutant of connexin26 shed light on channel regulation by CO.
著者: Deborah H Brotherton / Sarbjit Nijjar / Christos G Savva / Nicholas Dale / Alexander David Cameron /
要旨: Connexins allow intercellular communication by forming gap junction channels (GJCs) between juxtaposed cells. Connexin26 (Cx26) can be regulated directly by CO. This is proposed to be mediated ...Connexins allow intercellular communication by forming gap junction channels (GJCs) between juxtaposed cells. Connexin26 (Cx26) can be regulated directly by CO. This is proposed to be mediated through carbamylation of K125. We show that mutating K125 to glutamate, mimicking the negative charge of carbamylation, causes Cx26 GJCs to be constitutively closed. Through cryo-EM we observe that the K125E mutation pushes a conformational equilibrium towards the channel having a constricted pore entrance, similar to effects seen on raising the partial pressure of CO. In previous structures of connexins, the cytoplasmic loop, important in regulation and where K125 is located, is disordered. Through further cryo-EM studies we trap distinct states of Cx26 and observe density for the cytoplasmic loop. The interplay between the position of this loop, the conformations of the transmembrane helices and the position of the N-terminal helix, which controls the aperture to the pore, provides a mechanism for regulation.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structures of wild-type and a constitutively closed mutant of connexin26 shed light on channel regulation by CO2
著者: Brotherton, D.H. / Nijjar, S. / Savva, C.G. / Dale, N. / Cameron, A.D.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction beta-2 protein
B: Gap junction beta-2 protein
C: Gap junction beta-2 protein
D: Gap junction beta-2 protein
E: Gap junction beta-2 protein
F: Gap junction beta-2 protein
G: Gap junction beta-2 protein
H: Gap junction beta-2 protein
I: Gap junction beta-2 protein
J: Gap junction beta-2 protein
K: Gap junction beta-2 protein
L: Gap junction beta-2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,10725
ポリマ－320,56412
非ポリマー9,54313
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Gap junction beta-2 protein / Connexin-26 / Cx26


分子量: 26713.674 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Connexin 26 subunit / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29033
#2: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Connexin 26, 90mmHg PCO2, pH7.4, solubilised in LMNG.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: The buffer, except LMNG and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of used. The basal buffer was filtered and degassed and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of ...詳細: The buffer, except LMNG and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of used. The basal buffer was filtered and degassed and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of use to pH 7.4 using 15% CO2 in 85% N2.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
170 mMsodium chlorideNaCl1
25 %glycerolC3H8O31
31 mMDTTC4H10O2S21
40.003 %LMNGC47H88O221
580 mMsodium hydrogen carbonateNaH2P041
63 mMpotassium chlorideKCl1
71 mMmagnesium sulphateMgSO41
84 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 3.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: Blot 3 seconds, force 10, 1 blot, skip transfer. 3ul sample, in 15% CO2/85%N2 atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 11362
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.8.4モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1モデル精密化
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7652471
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240137
詳細: Particles were symmetry expanded before classification
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7QEQ

7qeq


Accession code: 7QEQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 67.51 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001719141
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.439325986
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03592958
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00243097
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.98542594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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