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- PDB-8q9r: Crystal structure of MADS-box/MEF2D N-terminal domain bound to ds... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q9r
タイトルCrystal structure of MADS-box/MEF2D N-terminal domain bound to dsDNA and HDAC9 deacetylase binding motif
要素
  • Histone deacetylase 9 (HDAC9) binding motif peptide: EVKQKLQEFLLSKS
  • MADS box dsDNA: AACTATTTATAAGA
  • MADS box dsDNA: TCTTATAAATAGT
  • MEF2D protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


animal organ development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / MEF2D protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chinellato, M. / Carli, A. / Perin, S. / Mazzoccato, Y. / Di Giorgio, E. / Brancolini, C. / Angelini, A. / Cendron, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationC94I19001550001 イタリア
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Folding of Class IIa HDAC Derived Peptides into alpha-helices Upon Binding to Myocyte Enhancer Factor-2 in Complex with DNA.
著者: Chinellato, M. / Perin, S. / Carli, A. / Lastella, L. / Biondi, B. / Borsato, G. / Di Giorgio, E. / Brancolini, C. / Cendron, L. / Angelini, A.
履歴
登録2023年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Histone deacetylase 9 (HDAC9) binding motif peptide: EVKQKLQEFLLSKS
A: MEF2D protein
B: MEF2D protein
K: MADS box dsDNA: AACTATTTATAAGA
L: MADS box dsDNA: TCTTATAAATAGT
C: Histone deacetylase 9 (HDAC9) binding motif peptide: EVKQKLQEFLLSKS
E: MEF2D protein
F: MEF2D protein
G: MADS box dsDNA: AACTATTTATAAGA
H: MADS box dsDNA: TCTTATAAATAGT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,26210
ポリマ－66,26210
非ポリマー00
水34219
1
X: Histone deacetylase 9 (HDAC9) binding motif peptide: EVKQKLQEFLLSKS
A: MEF2D protein
B: MEF2D protein
K: MADS box dsDNA: AACTATTTATAAGA
L: MADS box dsDNA: TCTTATAAATAGT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1315
ポリマ－33,1315
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
2
C: Histone deacetylase 9 (HDAC9) binding motif peptide: EVKQKLQEFLLSKS
E: MEF2D protein
F: MEF2D protein
G: MADS box dsDNA: AACTATTTATAAGA
H: MADS box dsDNA: TCTTATAAATAGT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1315
ポリマ－33,1315
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11920 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.391, 60.042, 77.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Histone deacetylase 9 (HDAC9) binding motif peptide: EVKQKLQEFLLSKS


分子量: 2067.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
MEF2D protein / Myocyte enhancer factor 2D


分子量: 11254.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Missing residues are not visible in the electron density maps
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05BX2
#3: DNA鎖 MADS box dsDNA: AACTATTTATAAGA


分子量: 4286.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 MADS box dsDNA: TCTTATAAATAGT


分子量: 4268.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium formate, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.5 and 20% w/v polyethylene glycol 3350 (PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.36 Å / Num. obs: 25008 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2276 / CC1/2: 0.372

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→47.36 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 1262 5.05 %
Rwork0.2227 --
obs0.2251 24972 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3284 1148 0 19 4451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7466416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.169983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.187718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.340.36991760.32162567X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.38341240.29182657X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.31241370.2722624X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.32461440.27372626X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.371170.29442645X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.240.29941300.26242636X-RAY DIFFRACTION99
3.24-3.710.27521500.22922610X-RAY DIFFRACTION99
3.71-4.680.24861800.18652608X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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