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- PDB-8q7n: cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (t... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8q7n
タイトルcryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region)
要素
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 3
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • MINX pre-mRNA
  • Microfibrillar-associated protein 1
  • NHP2-like protein 1, N-terminally processed
  • Pre-mRNA-processing factor 6
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Pre-mRNA-splicing factor 38A
  • Protein BUD31 homolog
  • Splicing factor 3A subunit 1
  • Thioredoxin-like protein 4A
  • Transcription elongation regulator 1
  • U4 snRNA
  • U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Ubiquitin-like protein 5
  • WW domain-binding protein 4
  • Zinc finger matrin-type protein 2
キーワードSPLICING / spliceosome / pre-catalytic spliceosome / spliceosomal B complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component ...microfibril / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / transcription elongation factor activity / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U4 snRNA binding / snRNP binding / proline-rich region binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / RNA polymerase binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U3 snoRNA binding / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / U2-type prespliceosome / rRNA modification in the nucleus and cytosol / precatalytic spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / Cajal body / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / nuclear receptor binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / maturation of SSU-rRNA / transcription coregulator activity / small-subunit processome / spliceosomal complex / response to cocaine / protein modification process / mRNA splicing, via spliceosome / protein tag activity / mRNA processing / transcription corepressor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / ATPase binding / microtubule cytoskeleton / ribosomal small subunit biogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protein-macromolecule adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / ciliary basal body / cell division / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / chromatin / GTP binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WW domain-binding protein 4 / Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Transcription elongation regulator 1-like ...WW domain-binding protein 4 / Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Transcription elongation regulator 1-like / PRP38 family / TCERG1 WW domain / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / FF domain / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / G10 protein signature 2. / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Tetratricopeptide repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Tetratricopeptide repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Transcription elongation regulator 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / WW domain-binding protein 4 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Transcription elongation regulator 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / WW domain-binding protein 4 / Pre-mRNA-processing factor 6 / Protein BUD31 homolog / Microfibrillar-associated protein 1 / NHP2-like protein 1 / Thioredoxin-like protein 4A / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor 38A / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Zinc finger matrin-type protein 2 / Ubiquitin-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Stark, H. / Luehrmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM analyses of dimerized spliceosomes provide new insights into the functions of B complex proteins.
著者: Zhenwei Zhang / Vinay Kumar / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: The B complex is a key intermediate stage of spliceosome assembly. To improve the structural resolution of monomeric, human spliceosomal B (hB) complexes and thereby generate a more comprehensive hB ...The B complex is a key intermediate stage of spliceosome assembly. To improve the structural resolution of monomeric, human spliceosomal B (hB) complexes and thereby generate a more comprehensive hB molecular model, we determined the cryo-EM structure of B complex dimers formed in the presence of ATP S. The enhanced resolution of these complexes allows a finer molecular dissection of how the 5' splice site (5'ss) is recognized in hB, and new insights into molecular interactions of FBP21, SNU23 and PRP38 with the U6/5'ss helix and with each other. It also reveals that SMU1 and RED are present as a heterotetrameric complex and are located at the interface of the B dimer protomers. We further show that MFAP1 and UBL5 form a 5' exon binding channel in hB, and elucidate the molecular contacts stabilizing the 5' exon at this stage. Our studies thus yield more accurate models of protein and RNA components of hB complexes. They further allow the localization of additional proteins and protein domains (such as SF3B6, BUD31 and TCERG1) whose position was not previously known, thereby uncovering new functions for B-specific and other hB proteins during pre-mRNA splicing.
履歴
登録2023年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
7: Splicing factor 3A subunit 1
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
D: Thioredoxin-like protein 4A
I: Pre-mRNA-splicing factor 38A
K: Microfibrillar-associated protein 1
M: NHP2-like protein 1, N-terminally processed
Q: Protein BUD31 homolog
X: WW domain-binding protein 4
Z: MINX pre-mRNA
r: Zinc finger matrin-type protein 2
s: Ubiquitin-like protein 5
L: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
F: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
N: Pre-mRNA-processing factor 6
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
S: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
T: Transcription elongation regulator 1
4: U4 snRNA
J: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,427,47921
ポリマ－1,427,47921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 56Z4

#1: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#2: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_004394.1
#11: RNA鎖 MINX pre-mRNA


分子量: 111300.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#20: RNA鎖 U4 snRNA


分子量: 46528.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 14種, 14分子 7CDIKMQXrsNAST

#3: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459
#4: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#5: タンパク質 Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP ...DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD


分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 38A


分子量: 37563.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NAV1
#7: タンパク質 Microfibrillar-associated protein 1 / Spliceosome B complex protein MFAP1


分子量: 52050.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55081
#8: タンパク質 NHP2-like protein 1, N-terminally processed


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769
#9: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein EDG-2 / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#10: タンパク質 WW domain-binding protein 4 / WBP-4 / Formin-binding protein 21 / WW domain-containing-binding protein 4


分子量: 42575.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75554
#12: タンパク質 Zinc finger matrin-type protein 2


分子量: 23664.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96NC0
#13: タンパク質 Ubiquitin-like protein 5


分子量: 8560.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZL1
#16: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 6 / Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP- ...Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP-associated 102 kDa protein / U5-102 kDa protein


分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906
#17: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#18: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / SART-1 / hSART-1 ...SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / SART-1 / hSART-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 110 kDa protein


分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43290
#19: タンパク質 Transcription elongation regulator 1 / TATA box-binding protein-associated factor 2S / Transcription factor CA150


分子量: 124083.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14776

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U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 LFJ

#14: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP ...Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / Protein 61K / hPrp31


分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3
#15: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / PRP4 homolog / hPrp4 / U4/U6 snRNP 60 kDa protein / WD splicing factor Prp4


分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43172
#21: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / hPrp3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein


分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human pre-catalytic spliceosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11, #13-#20, #12, #21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251564 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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