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万見
- PDB-8q6t: Helical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB mil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q6t
タイトルHelical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB milled left ventricular mouse myofibrils
要素
  • Myosin binding protein C, cardiac
  • Myosin light chain 3
  • Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
  • Myosin-7
  • Titin
キーワードMOTOR PROTEIN / Mammalian / Muscle / Thick filament / Cardiac
機能・相同性
機能・相同性情報


heart growth / forward locomotion / striated muscle cell development / regulation of relaxation of cardiac muscle / muscle cell fate specification / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / Striated Muscle Contraction / regulation of striated muscle contraction / detection of muscle stretch ...heart growth / forward locomotion / striated muscle cell development / regulation of relaxation of cardiac muscle / muscle cell fate specification / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / Striated Muscle Contraction / regulation of striated muscle contraction / detection of muscle stretch / muscle myosin complex / ventricular system development / cardiac myofibril assembly / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / muscle cell development / adult heart development / cardiac muscle tissue morphogenesis / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / muscle filament sliding / M band / myosin complex / A band / I band / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization / intracellular membraneless organelle / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / microfilament motor activity / heart contraction / positive regulation of the force of heart contraction / myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle contraction / somitogenesis / ATP metabolic process / heart morphogenesis / stress fiber / cardiac muscle contraction / muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / post-embryonic development / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / actin filament binding / actin binding / heart development / protein tyrosine kinase activity / in utero embryonic development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / cell adhesion / protein serine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / : / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / : / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail ...PPAK motif / : / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / : / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kinesin motor domain superfamily / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / EF-hand domain pair / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / Immunoglobulin V-set domain / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Titin / Myosin light chain 3 / Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform / Myosin binding protein C, cardiac / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18 Å
データ登録者Tamborrini, D. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, European Union, 英国, 5件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
Wellcome Trust201543/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R003106/1 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure of the native myosin filament in the relaxed cardiac sarcomere.
著者: Davide Tamborrini / Zhexin Wang / Thorsten Wagner / Sebastian Tacke / Markus Stabrin / Michael Grange / Ay Lin Kho / Martin Rees / Pauline Bennett / Mathias Gautel / Stefan Raunser /
要旨: The thick filament is a key component of sarcomeres, the basic units of striated muscle. Alterations in thick filament proteins are associated with familial hypertrophic cardiomyopathy and other ...The thick filament is a key component of sarcomeres, the basic units of striated muscle. Alterations in thick filament proteins are associated with familial hypertrophic cardiomyopathy and other heart and muscle diseases. Despite the central importance of the thick filament, its molecular organization remains unclear. Here we present the molecular architecture of native cardiac sarcomeres in the relaxed state, determined by cryo-electron tomography. Our reconstruction of the thick filament reveals the three-dimensional organization of myosin, titin and myosin-binding protein C (MyBP-C). The arrangement of myosin molecules is dependent on their position along the filament, suggesting specialized capacities in terms of strain susceptibility and force generation. Three pairs of titin-α and titin-β chains run axially along the filament, intertwining with myosin tails and probably orchestrating the length-dependent activation of the sarcomere. Notably, whereas the three titin-α chains run along the entire length of the thick filament, titin-β chains do not. The structure also demonstrates that MyBP-C bridges thin and thick filaments, with its carboxy-terminal region binding to the myosin tails and directly stabilizing the OFF state of the myosin heads in an unforeseen manner. These results provide a foundation for future research investigating muscle disorders involving sarcomeric components.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-7
B: Myosin-7
C: Myosin light chain 3
D: Myosin light chain 3
E: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
F: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
G: Myosin binding protein C, cardiac
H: Myosin-7
I: Titin
J: Myosin light chain 3
K: Myosin light chain 3
L: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
M: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
N: Myosin-7
O: Myosin-7
P: Titin
Q: Myosin-7
R: Myosin light chain 3
S: Myosin light chain 3
T: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
U: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
V: Myosin binding protein C, cardiac


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,879,46422
ポリマ－1,879,46422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Myosin-7 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 223226.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91Z83
#2: タンパク質
Myosin light chain 3


分子量: 17243.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P09542
#3: タンパク質
Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform


分子量: 18259.512 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P51667
#4: タンパク質 Myosin binding protein C, cardiac


分子量: 44777.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3TF37
#5: タンパク質 Titin


分子量: 118766.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2ASS6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat
タイプ: CELL
詳細: Single asymmetrical unit from the relaxed thick filament obtained from FIB milled left ventricular mouse myofibrils
Entity ID: #1-#3, #5, #4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.4 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 140 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4WarpCTF補正
5RELIONCTF補正
8NAMDモデルフィッティング
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 0 ° / 軸方向距離/サブユニット: 430 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1589
詳細: Helical reconstruction containing 4.5x repeats extrapolated from a 3x repeat reconstruction (EMD-18146)
対称性のタイプ: HELICAL
EM volume selectionNum. of tomograms: 89 / Num. of volumes extracted: 67492
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDSource name
11AlphaFold
21SwissModel

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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