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- PDB-8q61: Co-crystal structure of human AKT2 with compound 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q61
タイトルCo-crystal structure of human AKT2 with compound 3
要素RAC-beta serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Protein Kinase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration ...retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / : / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / mammary gland epithelial cell differentiation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / positive regulation of glucose metabolic process / peripheral nervous system myelin maintenance / positive regulation of cell motility / glycogen biosynthetic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / CTLA4 inhibitory signaling / fat cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of protein targeting to membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / regulation of cell migration / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / FLT3 Signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of glucose import / TP53 Regulates Metabolic Genes / protein modification process / ruffle membrane / Regulation of PTEN stability and activity / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of TP53 Degradation / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / regulation of translation / cell cortex / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Kinase B beta, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Protein Kinase B beta, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K06 / PHOSPHATE ION / RAC-beta serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Harrison, T. / Barker, O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other government 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Identification and development of a subtype-selective allosteric AKT inhibitor suitable for clinical development.
著者: Page, N. / Wappett, M. / O'Dowd, C.R. / O'Rourke, M. / Gavory, G. / Zhang, L. / Rountree, J.S.S. / Jordan, L. / Barker, O. / Gibson, H. / Boyd, C. / Feutren-Burton, S. / McLean, E. / Trevitt, G. / Harrison, T.
履歴
登録2023年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-beta serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9917
ポリマ－55,9751
非ポリマー1,0166
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.667, 113.885, 73.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RAC-beta serine/threonine-protein kinase


分子量: 55974.785 Da / 分子数: 1 / 変異: N2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT2 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P31751

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非ポリマー , 5種, 152分子

#2: 化合物 ChemComp-K06 / 6-[4-(1-azanyl-3-methyl-3-oxidanyl-cyclobutyl)phenyl]-7-phenyl-1-propyl-pyrido[2,3-b][1,4]oxazin-2-one


分子量: 443.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 1.5 M NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→61.49 Å / Num. obs: 22371 / % possible obs: 99.58 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 48.372 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.32→2.57 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Num. unique obs: 1613 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
MERLOT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→61.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 13.585 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2634 1187 5 %RANDOM
Rwork0.20912 ---
obs0.21167 22371 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.372 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→61.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 66 146 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9854368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21237129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5515380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36622.603146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37415.052573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5411527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5723.4731534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5693.4741533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9645.8331909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9655.8331910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8064.1531703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8024.1531703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6966.7512458
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.91631.3393449
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.931.1423428
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 84 -
Rwork0.316 1613 -
obs--98.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7561-0.1579-0.18425.17193.08744.2387-0.0830.07920.17180.14640.02570.202-0.0807-0.13070.05730.15050.0422-0.01120.1495-0.00230.1321-1.782-13.807-16.746
24.58191.09250.32635.3309-1.28994.8814-0.02860.0331-0.2624-0.0824-0.0217-0.72630.2770.66190.05030.1128-0.0081-0.01230.13990.00410.11191.9831.5457.095
32.1595-0.26570.61252.61170.39064.32990.0371-0.0116-0.04860.0191-0.08360.1181-0.074-0.15890.04640.0896-0.03290.00410.0218-0.00680.0066-12.70615.975-9.6
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2A121 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3A229 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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