PDB-8q3h: Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - A108D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q3h

タイトル

Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - A108D

要素

2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase - Capra hircus

機能・相同性

機能・相同性情報

2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Site-directed mutagenesis reveals the interplay between stability, structure, and enzymatic activity in RidA from Capra hircus.
著者: Rizzi, G. / Digiovanni, S. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Di Pisa, F. / Popolo, L. / Visentin, C. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.

履歴

登録	2023年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q3h.cif.gz	289.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q3h.ent.gz	181.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qokC 8qomC 8qopC 8qoqC 8qosC 8qouC 8qovC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

登録者が定義した集合体
43.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.461, 88.461, 88.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y+1/2,-z,x+1/2 #5: z+1/2,-x+1/2,-y #6: -y,z+1/2,-x+1/2 #7: -z+1/2,-x,y+1/2 #8: -z,x+1/2,-y+1/2 #9: y+1/2,-z+1/2,-x #10: x+1/2,-y+1/2,-z #11: -x,y+1/2,-z+1/2 #12: -x+1/2,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-309- HOH
2	1	A-341- HOH
3	1	A-406- HOH
4	1	A-424- HOH
5	1	A-425- HOH
6	1	B-224- HOH
7	1	B-274- HOH
8	1	B-286- HOH
9	1	B-287- HOH
10	1	B-288- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 135 / Label seq-ID: 4 - 138

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase 分子量: 14635.646 Da / 分子数: 2 / 変異: A108D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80601
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→44.27 Å / Num. obs: 62170 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.42 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 41.08
反射シェル	解像度: 1.57→1.67 Å / R_merge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 10.78 / Num. unique obs: 1526 / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.0267

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→44.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.192 / WR_factor R_work: 0.15 / SU B: 3.325 / SU ML: 0.054 / Average fsc free: 0.9766 / Average fsc work: 0.9873 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1786	1563	4.834 %
R_work	0.1424	30771	-
all	0.144	-	-
obs	-	32334	99.636 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→44.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1990	0	10	220	2220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.682	1.786	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.568	1.725	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.986	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.456	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.072	10	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.391	10	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.203	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.213	2.528	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.181	2.529	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.155	4.545	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.157	4.548	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.706	2.796	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.703	2.799	995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.002	5.017	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.999	5.019	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.559	28.767	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.408	25.845	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.084	3	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.129	0.05	3732

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12871	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12871	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.57-1.611	0.225	121	0.156	2185	0.16	2362	0.969	0.985	97.6291	0.139
1.611-1.655	0.214	113	0.152	2204	0.155	2317	0.972	0.986	100	0.139
1.655-1.703	0.213	93	0.15	2169	0.153	2262	0.971	0.986	100	0.138
1.703-1.755	0.203	104	0.142	2052	0.145	2156	0.973	0.988	100	0.131
1.755-1.813	0.265	95	0.135	2051	0.14	2146	0.96	0.988	100	0.126
1.813-1.876	0.192	105	0.14	1925	0.143	2030	0.977	0.988	100	0.132
1.876-1.947	0.18	92	0.136	1911	0.138	2003	0.981	0.989	100	0.131
1.947-2.026	0.193	81	0.129	1829	0.132	1910	0.98	0.991	100	0.127
2.026-2.116	0.157	70	0.136	1746	0.137	1816	0.984	0.986	100	0.133
2.116-2.219	0.188	94	0.136	1687	0.139	1781	0.978	0.989	100	0.137
2.219-2.339	0.192	69	0.133	1575	0.135	1644	0.977	0.989	100	0.136
2.339-2.481	0.167	84	0.136	1524	0.138	1608	0.981	0.988	100	0.142
2.481-2.651	0.201	67	0.142	1421	0.145	1488	0.976	0.988	100	0.151
2.651-2.863	0.184	80	0.13	1312	0.133	1392	0.977	0.989	100	0.141
2.863-3.135	0.16	67	0.146	1238	0.147	1305	0.981	0.987	100	0.159
3.135-3.503	0.157	64	0.153	1103	0.154	1168	0.987	0.986	99.9144	0.17
3.503-4.04	0.165	71	0.134	978	0.136	1050	0.983	0.989	99.9048	0.157
4.04-4.938	0.151	33	0.12	854	0.121	892	0.99	0.992	99.4395	0.148
4.938-6.94	0.168	44	0.151	648	0.152	694	0.986	0.989	99.7118	0.185
6.94-44.27	0.216	16	0.269	359	0.266	426	0.967	0.937	88.0282	0.368

精密化 TLS

T11: 0.0008 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.043	0.0057	0.0104	0.0896	0.0268	0.0543	-0.0009	-0.0007	-0.0024	0.0015	0.0021	0.0027	0.0052	0.0013	-0.0012	-0.0001	-0.0004	0.0004	0.0003	0.0014	-4.0625	-21.7461	-14.8262
2	0.0112	0.0099	0.0238	0.1111	-0.0064	0.0582	0.001	0.0076	0.0015	0.0002	-0.0012	0.0058	0.004	0.0189	0.0002	0.0008	0.0007	0.0083	-0.0026	0.0046	24.2752	10.528	7.633

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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