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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q1e | ||||||||||||
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タイトル | D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with fructose 1,6-bisphosphate | ||||||||||||
要素 | Beta-phosphoglucomutase | ||||||||||||
キーワード | ISOMERASE / mutase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | メキシコ, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Peri active site catalysis of proline isomerisation is the molecular basis of allomorphy in beta-phosphoglucomutase. 著者: Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q1e.cif.gz | 136.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q1e.ent.gz | 80.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q1e_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q1e_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q1e_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q1e_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24212.572 Da / 分子数: 1 / 変異: D10N and P146A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌) 遺伝子: JCM5805K_2499 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7T4I1 | ||||||
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#2: 糖 | ChemComp-FBP / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 % / 解説: needles |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.6 mM bPGM-D10N,P146A 50 mM MgCl2 50 mM F16BP 32 % PEG 4000 100 mM sodium acetate 100 mM tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9227 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9227 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→83.76 Å / Num. obs: 55719 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2694 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 0.953 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.23→41.913 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 2.856 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.565 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.23→41.913 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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