PDB-8q1d: D10N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q1d

タイトル

D10N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with fructose 1,6-bisphosphate

要素

Beta-phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / mutase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

資金援助

メキシコ,

英国, 3件

組織	認可番号	国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)	472448	メキシコ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M021637/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S007965/1	英国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Peri active site catalysis of proline isomerisation is the molecular basis of allomorphy in beta-phosphoglucomutase.
著者: Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

履歴

登録	2023年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q1d.cif.gz	66.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q1d.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q1d_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q1d_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8q1d_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	8q1d_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q1cC 8q1eC 8q1fC 5ok1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.888, 71.382, 83.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM

分子量: 24238.609 Da / 分子数: 1 / 変異: D10N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.68 % / 解説: needles
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.6 mM bPGM-D10N 5 mM MgCl2 50 mM fructose 1,6-bisphosphate 38 % PEG 4000 200 mM sodium acetate 100 mM tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→54.429 Å / Num. obs: 20093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1013 / CC_1/2: 0.829 / R_pim(I) all: 0.379 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→54.429 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.137 / SU B: 3.844 / SU ML: 0.116 / Average fsc free: 0.9451 / Average fsc work: 0.964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	965	4.815 %
R_work	0.161	19075	-
all	0.165	-	-
obs	-	20040	99.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.344 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.477 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.688 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.211 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→54.429 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1708	0	33	188	1929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.639	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.512	1.575	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.08	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.331	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.539	10	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.23	10	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.286	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	19

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.796	0.262	67	0.293	1394	0.292	1470	0.897	0.902	99.3878	0.292
1.796-1.845	0.295	69	0.263	1333	0.265	1402	0.922	0.921	100	0.255
1.845-1.898	0.265	83	0.254	1297	0.254	1380	0.935	0.923	100	0.241
1.898-1.956	0.294	64	0.225	1289	0.228	1353	0.92	0.943	100	0.205
1.956-2.02	0.259	66	0.209	1225	0.211	1291	0.939	0.954	100	0.187
2.02-2.091	0.26	60	0.171	1204	0.174	1264	0.943	0.973	100	0.147
2.091-2.17	0.26	51	0.161	1168	0.165	1219	0.943	0.976	100	0.137
2.17-2.259	0.223	63	0.151	1101	0.155	1164	0.965	0.981	100	0.127
2.259-2.359	0.246	41	0.133	1091	0.137	1132	0.965	0.986	100	0.112
2.359-2.474	0.275	43	0.148	1051	0.153	1094	0.958	0.983	100	0.125
2.474-2.607	0.245	56	0.156	973	0.161	1030	0.945	0.982	99.9029	0.132
2.607-2.765	0.269	51	0.147	928	0.153	979	0.953	0.984	100	0.122
2.765-2.955	0.205	47	0.151	873	0.154	920	0.973	0.984	100	0.128
2.955-3.191	0.28	35	0.158	847	0.162	882	0.946	0.984	100	0.137
3.191-3.495	0.248	40	0.145	747	0.15	787	0.968	0.987	100	0.131
3.495-3.905	0.205	41	0.128	698	0.132	739	0.978	0.991	100	0.116
3.905-4.506	0.222	29	0.118	623	0.122	652	0.973	0.991	100	0.108
4.506-5.509	0.263	25	0.146	537	0.151	562	0.948	0.987	100	0.133
5.509-7.751	0.443	16	0.182	434	0.189	450	0.928	0.98	100	0.159
7.751-54.429	0.242	18	0.152	262	0.158	281	0.979	0.984	99.6441	0.154

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