PDB-8q1c: Substrate-free D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q1c

タイトル

Substrate-free D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis

要素

Beta-phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / mutase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.679 Å

データ登録者

Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

資金援助

メキシコ,

英国, 3件

組織	認可番号	国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)	472448	メキシコ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M021637/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S007965/1	英国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Peri active site catalysis of proline isomerisation is the molecular basis of allomorphy in beta-phosphoglucomutase.
著者: Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

履歴

登録	2023年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q1c.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q1c.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q1c_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q1c_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8q1c_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	8q1c_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q1dC 8q1eC 8q1fC 2whe 6h93 6ydk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-phosphoglucomutase

B: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.650, 117.251, 53.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.637, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-phosphoglucomutase 分子量: 24212.572 Da / 分子数: 2 / 変異: D10N and P146A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌) 遺伝子: JCM5805K_2499 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7T4I1

-
非ポリマー , 5種, 192分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.16 % / 解説: rods
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.6 mM bPGM-D10N,P146A 5 mM MgCl2 3 mM AlCl3 20 mM NaF 15 mM glucose 6-phosphate 32 % PEG 4000 200 mM sodium acetate 200 mM tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.679→117.25 Å / Num. obs: 52374 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.2 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2284 / CC_1/2: 0.277 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.679→52.702 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.26 / WR_factor R_work: 0.201 / SU B: 4.146 / SU ML: 0.127 / Average fsc free: 0.9315 / Average fsc work: 0.951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	2655	5.073 %
R_work	0.2108	49681	-
all	0.214	-	-
obs	-	52336	98.202 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.135 Å²	0 Å²	0.763 Å²
2-	-	-1.294 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.679→52.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	32	185	3591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.629	4674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.548	1.576	7799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.781	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.471	10	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.93	10	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.141	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.679-1.723	0.371	180	0.376	3305	0.375	3912	0.873	0.881	89.0849	0.375
1.723-1.77	0.364	196	0.358	3494	0.358	3850	0.878	0.886	95.8442	0.357
1.77-1.821	0.362	181	0.327	3472	0.329	3707	0.907	0.91	98.5433	0.323
1.821-1.877	0.313	195	0.28	3346	0.282	3589	0.927	0.936	98.6626	0.27
1.877-1.939	0.337	172	0.264	3316	0.268	3541	0.917	0.947	98.5033	0.243
1.939-2.007	0.312	165	0.26	3173	0.262	3385	0.93	0.953	98.6115	0.238
2.007-2.083	0.301	160	0.236	3070	0.239	3269	0.93	0.961	98.807	0.211
2.083-2.167	0.303	173	0.227	2977	0.232	3185	0.94	0.966	98.9011	0.2
2.167-2.264	0.303	135	0.212	2858	0.217	3019	0.941	0.97	99.1388	0.189
2.264-2.374	0.303	143	0.202	2703	0.207	2866	0.949	0.974	99.3022	0.177
2.374-2.502	0.273	139	0.202	2601	0.205	2755	0.953	0.975	99.4555	0.178
2.502-2.653	0.262	132	0.193	2474	0.197	2618	0.959	0.977	99.5416	0.173
2.653-2.836	0.271	115	0.197	2309	0.2	2436	0.949	0.977	99.5074	0.179
2.836-3.063	0.289	109	0.226	2181	0.229	2294	0.947	0.968	99.8256	0.213
3.063-3.354	0.264	107	0.217	1997	0.219	2109	0.948	0.972	99.7629	0.21
3.354-3.748	0.294	99	0.223	1798	0.227	1898	0.944	0.976	99.9473	0.224
3.748-4.324	0.201	104	0.172	1586	0.173	1690	0.977	0.984	100	0.18
4.324-5.287	0.193	63	0.157	1359	0.158	1422	0.976	0.986	100	0.174
5.287-7.439	0.276	51	0.189	1064	0.193	1115	0.969	0.985	100	0.205
7.439-52.702	0.256	36	0.173	599	0.179	635	0.962	0.981	100	0.203

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