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万見
- PDB-8px6: Hepatitis B core protein with bound SLLGRM-dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8px6
タイトルHepatitis B core protein with bound SLLGRM-dimer
要素
  • External core antigen
  • SLLGRM-dimer
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Hepatitis B core protein / Spikes SLLGRM-dimer aggregator Hepatitis B virus Capsid LIKE PARTICLE
機能・相同性Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / extracellular region / External core antigen
機能・相同性情報
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Makbul, C. / Khayenko, V. / Maric, M.H. / Bottcher, B.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BO1150/17-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MA6957/1-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 93/903-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 93/1042-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 93/1143-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Peptide dimers aggregate Hepatitis B core proteins in live cells
著者: Khayenko, V. / Makbul, C. / Schulte, C. / Hemmelmann, N. / Bottcher, B. / Maric, H.M.
履歴
登録2023年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: External core antigen
A: External core antigen
C: External core antigen
D: External core antigen
M: SLLGRM-dimer
E: SLLGRM-dimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9396
ポリマ－85,9396
非ポリマー00
水00
1
B: External core antigen
A: External core antigen
C: External core antigen
D: External core antigen
M: SLLGRM-dimer
E: SLLGRM-dimer
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,156,314360
ポリマ－5,156,314360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質
External core antigen


分子量: 21146.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W6CP35
#2: タンパク質・ペプチド SLLGRM-dimer


分子量: 676.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is a synthetic peptide with two moieties of SLLGRM that are linked by a PEG linker The density that is assigned to SLLGRM is modelled as Poly-Ala.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hepatitis B virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / 株: ayw/France/Tiollais/1979
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 360 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4956
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND4CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデルフィッティング
10Cootモデルフィッティング
14PHENIXモデル精密化
15Cootモデル精密化
16RELION3.1初期オイラー角割当
18cryoSPARC4最終オイラー角割当
21cryoSPARC4３次元再構成none uniform refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 320845 / 詳細: template picked
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132610 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7OD4

7od4


Accession code: 7OD4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0089285
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69416784
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0563764
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047742
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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