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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pqu | ||||||
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タイトル | NMR structure of the Thermus thermophilus PilF-GSPIIB domain in the apo state | ||||||
要素 | ATP-binding motif-containing protein pilF | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / PilT class / GSPII / ligand binding / c-di-GMP | ||||||
機能・相同性 | Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / ATP-binding motif-containing protein pilF 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Neissner, K. / Woehnert, J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NMR structure of the Thermus thermophilus PilF-GSPIIB domain in the apo state 著者: Neissner, K. / Woehnert, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pqu.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pqu.ent.gz | 876.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pqu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pqu_validation.pdf.gz | 610.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pqu_full_validation.pdf.gz | 721.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pqu_validation.xml.gz | 45.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pqu_validation.cif.gz | 91.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16269.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) 遺伝子: pilF, TT_C1622 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72H73 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM NaCl mM / Label: condition_1 / pH: 5.8 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 318 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |