PDB-8pqn: NQO1 bound to RBS-10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pqn

タイトル

NQO1 bound to RBS-10

要素

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NQO1 / RBS-10 / quinone reductase / degrader resistance / prodrug

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / vitamin K metabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Pous, J. / Jose-Duran, F. / Mayor-Ruiz, C. / Riera, A.

資金援助

European Union,

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Discovery and Mechanistic Elucidation of NQO1-Bioactivatable Small Molecules That Overcome Resistance to Degraders.
著者: Barbosa, B.M.G. / Sfyaki, A. / Rafael, S. / Jose-Duran, F. / Pous, J. / Sanchez-Zarzalejo, C. / Perez-Lopez, C. / Vilanova, M. / Cigler, M. / Gay, M. / Vilaseca, M. / Winter, G.E. / Riera, A. / Mayor-Ruiz, C.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pqn.cif.gz	236.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pqn.ent.gz	185.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pqn_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pqn_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8pqn_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	8pqn_validation.cif.gz	54.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homodimer A-B already known in other structures. Matrix generates second homodimer C-D
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.748, 178.369, 210.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 273 / Label seq-ID: 1 - 273

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Global NCS restraints between domains: 1 2
2	Global NCS restraints between domains: 3 4
3	Global NCS restraints between domains: 5 6
4	Global NCS restraints between domains: 7 8
5	Global NCS restraints between domains: 9 10
6	Global NCS restraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / ...Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / Phylloquinone reductase / Quinone reductase 1 / QR1 分子量: 30776.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO1, DIA4, NMOR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-978 / ~{N}-[4-[(3-methylphenyl)carbonylamino]phenyl]-5-nitro-furan-2-carboxamide 分子量: 365.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅N₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.5 % / 解説: small yellow rods.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2 / 詳細: 300mM TRIS 9.2 2.8M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月25日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez
放射	モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→89.18 Å / Num. obs: 13579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 121.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1956 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
iMOSFLM	7.4.0	データ削減
pointless	1.12.14	データスケーリング
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0405	精密化
Coot	0.987	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.8→68.132 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 107.197 / SU ML: 1.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3616	687	5.073 %
R_work	0.261	12856	-
all	0.266	-	-
obs	-	13543	99.904 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 209.703 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	31.519 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-11.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→68.132 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8696	0	160	0	8856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	9102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.894	1.649	12320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.313	1.572	19496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.5	5	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.302	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.012	10	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.011	10	396
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.01	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	8474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.144	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.391	21.475	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.39	21.474	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	17.181	32.149	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	17.18	32.151	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.074	21.642	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.063	21.638	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.056	32.397	6872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.055	32.397	6873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	24.007	291.52	10609
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	24.006	291.521	10610

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight B_iso : 0.866 / Weight position: 0.0866

Ens-ID	Dom-ID	Rms dev B_iso (Å²)	Rms dev position (Å)
1	1	11.30334	0.02374
1	2	11.30334	0.02374
2	3	16.80777	0.02847
2	4	16.80777	0.02847
3	5	21.69365	0.02731
3	6	21.69365	0.02731
4	7	15.22849	0.02641
4	8	15.22849	0.02641
5	9	19.7498	0.02652
5	10	19.7498	0.02652
6	11	16.56046	0.02339
6	12	16.56046	0.02339

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.8-3.898	0.581	66	0.476	911	0.483	978	0.57	0.639	99.8978	0.44
3.898-4.005	0.461	51	0.443	909	0.444	966	0.709	0.707	99.3789	0.413
4.005-4.121	0.463	49	0.432	884	0.434	933	0.727	0.755	100	0.404
4.121-4.247	0.471	44	0.418	851	0.42	895	0.792	0.808	100	0.39
4.247-4.386	0.494	42	0.383	853	0.388	895	0.787	0.835	100	0.369
4.386-4.539	0.438	37	0.366	792	0.37	829	0.845	0.862	100	0.349
4.539-4.709	0.376	47	0.307	782	0.311	829	0.879	0.919	100	0.299
4.709-4.901	0.319	45	0.262	741	0.266	787	0.904	0.938	99.8729	0.255
4.901-5.117	0.365	44	0.286	729	0.291	773	0.833	0.921	100	0.275
5.117-5.366	0.446	34	0.272	704	0.28	738	0.868	0.931	100	0.265
5.366-5.654	0.353	32	0.255	653	0.259	685	0.902	0.946	100	0.241
5.654-5.994	0.298	35	0.214	651	0.218	686	0.936	0.96	100	0.21
5.994-6.405	0.388	24	0.236	592	0.243	616	0.874	0.958	100	0.232
6.405-6.913	0.365	27	0.22	552	0.227	579	0.913	0.967	100	0.223
6.913-7.565	0.418	28	0.195	504	0.207	532	0.906	0.971	100	0.201
7.565-8.445	0.275	25	0.165	471	0.171	497	0.961	0.981	99.7988	0.176
8.445-9.726	0.265	21	0.147	430	0.152	451	0.963	0.986	100	0.159
9.726-11.852	0.236	15	0.125	370	0.129	386	0.972	0.991	99.7409	0.147
11.852-16.513	0.209	15	0.163	287	0.165	302	0.97	0.986	100	0.195
16.513-68.132	0.349	6	0.348	190	0.348	196	0.855	0.921	100	0.353

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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