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- PDB-8ppt: Pyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) in its editing mode bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ppt
タイトルPyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) in its editing mode bound to a primer/template substrate containing a mismatch
要素
  • (DNA polymerase ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*T)-3')
  • DP2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Polymerase / DNA / Replication / PolD / Archaea / Editing / Proofreading / Exonuclease / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / DNA polymerase complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II small subunit, archaeal / : / DNA polymerase II small subunit, N-terminal domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...DNA polymerase II small subunit, archaeal / : / DNA polymerase II small subunit, N-terminal domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / : / Metallo-dependent phosphatase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase sliding clamp / DNA polymerase II small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Betancurt-Anzola, L. / Martinez-Carranza, M. / Zatopek, K.M. / Gardner, A.F. / Sauguet, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for proofreading by the unique exonuclease domain of Family-D DNA polymerases.
著者: Leonardo Betancurt-Anzola / Markel Martínez-Carranza / Marc Delarue / Kelly M Zatopek / Andrew F Gardner / Ludovic Sauguet /
要旨: Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. ...Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. Family D replicative DNA polymerases (PolD), found exclusively in Archaea, contain an unusual RNA polymerase-like catalytic core, and a unique Mre11-like proofreading active site. Here, we present cryo-EM structures of PolD trapped in a proofreading mode, revealing an unanticipated correction mechanism that extends the repertoire of protein domains known to be involved in DNA proofreading. Based on our experimental structures, mutants of PolD were designed and their contribution to mismatch bypass and exonuclease kinetics was determined. This study sheds light on the convergent evolution of structurally distinct families of DNA polymerases, and the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the replisome in the three domains of life.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年12月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II small subunit
C: DNA polymerase sliding clamp
D: DNA polymerase sliding clamp
E: DNA polymerase sliding clamp
P: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*T)-3')
T: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
B: DP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,37513
ポリマ－320,1067
非ポリマー2696
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA polymerase ... , 2種, 4分子 ACDE

#1: タンパク質 DNA polymerase II small subunit / Pol II / Exodeoxyribonuclease small subunit


分子量: 74009.742 Da / 分子数: 1 / 変異: H451A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: polB, PYRAB01210, PAB2266 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V2F3, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I
#2: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp / Proliferating cell nuclear antigen homolog / PCNA


分子量: 29471.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: pcn, PYRAB13790, PAB1465 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UYX8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*T)-3')


分子量: 5519.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 7741.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#5: タンパク質 DP2


分子量: 144418.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex containing three consecutive mismatches
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3-#4, #1, #5, #2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 496901 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320060
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54327241
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.0342916
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0533053
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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