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- PDB-8ppb: Human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ppb
タイトルHuman inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic domain in complex with D-3-deoxy-myo-inositol 1,4,6-trisphosphate/ATP/Mn
要素Inositol-trisphosphate 3-kinase A
キーワードTRANSFERASE / Inositol polyphosphate / InsP / inositol kinase / IP3K / calcium / InsP3 / IP3 / IPK / IP3 3-K
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic actin cytoskeleton / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance ...inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic actin cytoskeleton / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / cellular response to calcium ion / response to calcium ion / regulation of synaptic plasticity / small GTPase binding / actin cytoskeleton organization / dendritic spine / cytoskeleton / calmodulin binding / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Inositol-trisphosphate 3-kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Marquez-Monino, M.A. / Gonzalez, B.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-117400GB-100 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-89913-P スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Substrate promiscuity of inositol 1,4,5-trisphosphate kinase driven by structurally-modified ligands and active site plasticity.
著者: Marquez-Monino, M.A. / Ortega-Garcia, R. / Whitfield, H. / Riley, A.M. / Infantes, L. / Garrett, S.W. / Shipton, M.L. / Brearley, C.A. / Potter, B.V.L. / Gonzalez, B.
履歴
登録2023年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-trisphosphate 3-kinase A
B: Inositol-trisphosphate 3-kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,37316
ポリマ－63,7552
非ポリマー2,61914
水6,233346
1
A: Inositol-trisphosphate 3-kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1878
ポリマ－31,8771
非ポリマー1,3097
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol-trisphosphate 3-kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1878
ポリマ－31,8771
非ポリマー1,3097
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.771, 97.687, 191.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-607-

SO4

21B-861-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inositol-trisphosphate 3-kinase A / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate 3-kinase A / IP3 3-kinase A / IP3K A / InsP 3-kinase A


分子量: 31877.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Catalytic domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITPKA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: P23677, inositol-trisphosphate 3-kinase

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物 ChemComp-3I2 / D-3-deoxy-myo-inositol 1,4,6-trisphosphate / [(1R,2S,3R,4R,5R)-2,5-bis(oxidanyl)-3,4-diphosphonooxy-cyclohexyl] dihydrogen phosphate


分子量: 404.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 % / 解説: Cube / Trapezoidal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.84 M sodium citrate, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.1 M NaCl. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 18 mg/ml. Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM ammonium sulfate and 2 mM DTT. ...詳細: 0.84 M sodium citrate, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.1 M NaCl. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 18 mg/ml. Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM ammonium sulfate and 2 mM DTT. Soaking 2h with 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 5 mM ligand, 3 mM ATP and 3 mM MnCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979264 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日 / 詳細: KB mirrors, rectangular beam shape
放射モノクロメーター: Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979264 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.54 Å / Num. obs: 62723 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 28.529 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3648 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.402 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→49.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.789 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21606 3101 4.9 %RANDOM
Rwork0.19467 ---
obs0.19573 59572 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4417 0 142 346 4905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.6586397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3071.599997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.98620.068294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17515837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1761558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9293.8372236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9263.8362235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2315.7342802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2325.7352803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5944.3412488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5214.3052464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4176.2913560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.50744.5015312
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.46644.2915264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2067medium positional0.490.5
1252tight thermal2.870.5
2067medium thermal3.272
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 216 -
Rwork0.437 4321 -
obs--98.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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