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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8pow
タイトル
Crystal Structure of the C19G variant of the membrane-bound [NiFe]-Hydrogenase from Cupriavidus necator in the air-oxidized state at 1.61 A Resolution.
要素
(Uptake hydrogenase ...) x 2
キーワード
OXIDOREDUCTASE / [NIFE]-HYDROGENASE / HYDROGENASE / OXYGEN-TOLERANCE / HYDROGEN CATALYSIS / KNALLGASBACTERIA / PROTEOBACTERIA / METALLOENZYME / BIMETALLIC / NI-FE ACTIVE SITE / [4FE-3S] / PROXIMAL CLUSTER / AEROBIC HYDROGEN BACTERIA / ELECTRON TRANSFER / METALLOPROTEIN / CATALYTIC CENTER / MEMBRANE / MEMBRANE-BOUND / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE COMPLEX / ELECTRON RELAY / CUBANE CLUSTER / HIGH POTENTIAL / CLUSTER TUNING / ELECTRON TRANSPORT / AS-ISOLATED STATE / AIR-OXIDIZED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.61→46.01 Å / Num. obs: 107311 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 16662 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.7.0032
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 3.391 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1632
5348
5 %
RANDOM
Rwork
0.13713
-
-
-
obs
0.13843
101881
99.89 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK