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万見
- PDB-8pot: Ternary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pot
タイトルTernary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and the benzoxaborole cmpd9 in the editing conformation
要素
  • Leucine--tRNA ligase
  • tRNA(leu)
キーワードLIGASE / Leucine tRNA ligase / ATP binding protein / tRNA aminoacylation for protein translation / cytosolic Reaction catalysed: ATP + L-leucine + tRNA(Leu) = AMP + diphosphate + L-leucyl-tRNA(Leu)
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) ...Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.149 Å
データ登録者Palencia, A. / Hoffmann, G.
資金援助 フランス, European Union, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-AMRB-0003-01 AntibiOxaborole フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR JCJC RC18114CC NovoTargetParasite フランス
iNEXT653706European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Targeting a microbiota Wolbachian aminoacyl-tRNA synthetase to block its pathogenic host.
著者: Hoffmann, G. / Lukarska, M. / Clare, R.H. / Masters, E.K.G. / Johnston, K.L. / Ford, L. / Turner, J.D. / Ward, S.A. / Taylor, M.J. / Jensen, M.R. / Palencia, A.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine--tRNA ligase
B: tRNA(leu)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,4405
ポリマ－127,5692
非ポリマー8713
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area47990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.167, 76.794, 90.863
Angle α, β, γ (deg.)90, 102.55, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Leucine--tRNA ligase / Leucyl-tRNA synthetase / LeuRS


分子量: 99516.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: leuS, b0642, JW0637 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P07813, leucine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 tRNA(leu)


分子量: 28052.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Obtained by T7 Pol in vitro transcription / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-7RZ / [(1R,3'S,5S,6R,8R)-3'-(aminomethyl)-8-(6-aminopurin-9-yl)-4'-bromanyl-7'-[3-[methyl-(phenylmethyl)amino]propoxy]spiro[2,4,7-trioxa-3$l^{4}-borabicyclo[3.3.0]octane-3,1'-3H-2,1$l^{4}-benzoxaborole]-6-yl]methyl dihydrogen phosphate / AMP adduct with 3-[[(3S)-3-(aminomethyl)-4-bromanyl-1,3-dihydro-2,1-benzoxaborol-7-yl]oxy]-N-methyl-N-(phenylmethyl)propan-1-amine


タイプ: RNA OH 3 prime terminus / 分子量: 747.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35BBrN7O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH5.6, 0.2 M NaCl, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.149→58.056 Å / Num. obs: 44722 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.149→2.374 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2236 / CC1/2: 0.654 / Rpim(I) all: 0.503 / % possible all: 58.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5データ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.149→58.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU R Cruickshank DPI: 0.491 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.517 / SU Rfree Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.284
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 2224 -RANDOM
Rwork0.2139 ---
obs0.2166 44722 68.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2163 Å20 Å2-0.5139 Å2
2---0.3852 Å20 Å2
3----0.831 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.149→58.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6496 1795 55 377 8723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0078738HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8512264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2743SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1236HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8738HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1189SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6344SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.57
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.31 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3112 37 -
Rwork0.2733 --
obs0.2749 895 7.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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