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- PDB-8pmz: HEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p61.15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pmz
タイトルHEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p61.15
要素
  • Pro-secreted protein ORF2
  • scFv_p61.15
キーワードVIRAL PROTEIN / HEV / P domain / non-glycosylated / glycan-insensitive / neutralizing antibody (nAb)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / T=1 icosahedral viral capsid / host cell Golgi apparatus / host cell surface / structural molecule activity / cell surface / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Paslahepevirus balayani (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.912 Å
データ登録者Ssebyatika, G. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen Foundation9A888 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Broadly neutralizing antibodies isolated from HEV convalescents confer protective effects in human liver-chimeric mice.
著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Pluckebaum, N. / Fehlau, L. / Garn, J. / Meyer, N. / Prallet, S. / ...著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Pluckebaum, N. / Fehlau, L. / Garn, J. / Meyer, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Kraft, A.R.M. / Verhoye, L. / Jacobsen, C. / Steinmann, E. / Wedemeyer, H. / Viejo-Borbolla, A. / Dao Thi, V.L. / Pietschmann, T. / Lutgehetmann, M. / Meuleman, P. / Dandri, M. / Krey, T. / Behrendt, P.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-secreted protein ORF2
B: scFv_p61.15
C: Pro-secreted protein ORF2
D: scFv_p61.15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6226
ポリマ－100,0574
非ポリマー5652
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.59, 178.77, 49.66
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-364-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pro-secreted protein ORF2 / pORF2 / Protein ORF2


分子量: 22868.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paslahepevirus balayani (ウイルス)
プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: C4B4T9
#2: 抗体 scFv_p61.15


分子量: 27160.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5 and 0.2M Potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.912→47.85 Å / Num. obs: 74611 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 13.52 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 11.23
反射 シェル解像度: 1.912→1.98 Å / Num. unique obs: 5776 / CC1/2: 0.906

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.912→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 3634 -RANDOM
Rwork0.2246 ---
obs0.2262 72647 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.511 Å20 Å20 Å2
2---1.3156 Å20 Å2
3---1.8266 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.912→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5804 0 38 321 6163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.988181HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1943SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes990HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5992HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion801SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4987SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.39
LS精密化 シェル解像度: 1.912→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5931 73 -
Rwork0.5745 --
obs--56.63 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.6435.5541-1.61149.99591.02894.46930.17640.5940.32380.594-0.08410.32440.32380.3244-0.0923-0.02850.0226-0.02920.02730.00220.0141-17.284610.43169.4798
20.3372-0.18160.00730.5638-0.480.00510.01680.08360.04090.08360.01380.0010.04090.001-0.0306-0.0349-0.0350.0150.0528-0.01960.0797-28.317725.6186.3792
30.3098-1.05080.02620.8699-0.80940.69740.08410.14950.08160.14950.0046-0.10090.0816-0.1009-0.0887-0.0053-0.0418-0.00430.06820.01680.0217-23.790216.187616.2323
40.657-0.0678-0.34970.24890.03370.46960.01710.06280.0210.0628-0.0298-0.04960.021-0.04960.0127-0.0345-0.03290.00880.0646-0.01350.058-24.369829.88627.1894
56.1215-1.98080.70861.0239-0.53691.92140.05090.08270.09230.0827-0.1120.2480.09230.2480.0612-0.0342-0.0508-0.0082-0.03020.01070.0514-22.435923.74695.2184
62.1511-0.11211.56331.3329-0.35731.8264-0.0649-0.1542-0.1257-0.1542-0.0296-0.0608-0.1257-0.06080.0945-0.03060.0368-0.0456-0.0241-0.03910.123-56.900734.20810.2049
72.7992-1.40020.15853.1544-0.48330.88330.0237-0.553-0.0495-0.553-0.06920.0014-0.04950.00140.0455-0.02890.0123-0.0125-0.0045-0.00050.0279-50.003529.5944-5.9042
81.5047-0.1060.4391.434-0.95220.4333-0.0047-0.07280.0567-0.0728-0.0153-0.0820.0567-0.0820.02-0.050.0242-0.0182-0.0088-0.0440.1061-54.644328.9366-1.2356
91.74121.30650.16431.6707-0.31070.24350.0410.0527-0.01030.0527-0.02520.0022-0.01030.0022-0.0159-0.0775-0.03050.0320.0185-0.01690.1116-53.934211.06777.7398
104.08285.3363-2.54447.1942-3.49981.76550.01510.1102-0.06530.11020.1937-0.0277-0.0653-0.0277-0.2088-0.0927-0.0452-0.0125-0.01410.00350.1611-57.426611.74140.2887
1112.6016-5.8208-3.04293.11432.01353.91630.1482-0.07180.0324-0.07180.08210.17890.03240.1789-0.2303-0.0143-0.0515-0.00910.0412-0.01920.0113-17.045112.1742-13.7568
120.48880.49680.116300.28850.5109-0.03420.01570.03390.01570.07310.03140.03390.0314-0.0389-0.051-0.00220.02560.059700.0806-5.898726.7278-8.763
131.15461.97720.14570.43570.61050.42280.0295-0.21440.0097-0.21440.09160.0690.00970.069-0.1211-0.0064-0.0180.03970.0865-0.02340.0119-10.583918.8047-19.8909
140.47190.261-0.29550.52290.1050.55070.0094-0.05510.0065-0.05510.0097-0.00510.0065-0.0051-0.0191-0.0507-0.02520.02250.0730.00460.0619-9.863730.1537-8.3672
152.57721.3043.12460.4052-4.71410-0.1274-0.0197-0.4521-0.0197-0.22810.0156-0.45210.01560.35550.18930.02840.01890.0881-0.0128-0.0321-20.901928.3233-23.7461
165.37860.00231.54650.69841.43930.3035-0.0296-0.03380.0981-0.0338-0.14770.59660.09810.59660.1773-0.209-0.0606-0.0906-0.0150.06830.23926.145834.8286-0.3738
172.30620.068-0.63251.1340.73850.5196-0.00720.2968-0.17780.29680.07050.0982-0.17780.0982-0.0633-0.1502-0.0405-0.06410.01580.04010.197518.9526.6751-1.7965
185.0092.1526-2.08141.1192-4.199311.18540.08290.19670.19180.1967-0.1766-0.41170.1918-0.41170.0936-0.1211-0.10430.00120.03490.02820.092110.750131.86191.6934
194.07232.848-2.15038.0278-4.77092.7978-0.05930.2167-0.04280.2167-0.04-0.1152-0.0428-0.11520.0992-0.069-0.1224-0.09020.04270.02860.043317.7536.41383.5789
203.08740.91391.65061.36770.80431.94780.03070.02210.09360.0221-0.10520.00470.09360.00470.0745-0.1813-0.01180.0008-0.04860.09790.261820.712727.4569-1.8819
219.02645.6675.41640.2992-1.66781.4506-0.07290.17410.12360.17410.10540.01180.12360.0118-0.0324-0.20470.0988-0.0911-0.03370.12190.303515.870511.3393-0.1791
224.2866-3.5825-5.82081.62430.97779.74920.2296-0.04910.989-0.0491-0.08530.21190.9890.2119-0.1443-0.17220.2399-0.0099-0.2107-0.2130.603624.17144.1213-12.4981
2300.20920.13291.55780.44791.87160.0493-0.17410.1924-0.1741-0.07140.1470.19240.1470.0221-0.23580.07390.05750.0302-0.01560.305318.709616.8285-10.3165
243.8184-1.86120.67461.01711.00761.12950.338-0.56060.1313-0.5606-0.11760.39680.13130.3968-0.2205-0.13440.0930.16820.1316-0.18280.257519.108312.8821-18.5501
256.79930.12551.66532.55421.21450.32070.07530.1848-0.06050.18480.1224-0.2094-0.0605-0.2094-0.1977-0.2040.01430.0036-0.0943-0.0170.405919.356114.9836-6.9189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|459 - 468}A459 - 468
2X-RAY DIFFRACTION2{A|469 - 507}A469 - 507
3X-RAY DIFFRACTION3{A|508 - 530}A508 - 530
4X-RAY DIFFRACTION4{A|531 - 590}A531 - 590
5X-RAY DIFFRACTION5{A|591 - 605}A591 - 605
6X-RAY DIFFRACTION6{B|1 - 37}B1 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7{B|38 - 74}B38 - 74
8X-RAY DIFFRACTION8{B|75 - 143}B75 - 143
9X-RAY DIFFRACTION9{B|144 - 236}B144 - 236
10X-RAY DIFFRACTION10{B|237 - 250}B237 - 250
11X-RAY DIFFRACTION11{C|459 - 468}C459 - 468
12X-RAY DIFFRACTION12{C|469 - 507}C469 - 507
13X-RAY DIFFRACTION13{C|508 - 530}C508 - 530
14X-RAY DIFFRACTION14{C|531 - 603}C531 - 603
15X-RAY DIFFRACTION15{C|604 - 609}C604 - 609
16X-RAY DIFFRACTION16{D|1 - 28}D1 - 28
17X-RAY DIFFRACTION17{D|29 - 48}D29 - 48
18X-RAY DIFFRACTION18{D|49 - 63}D49 - 63
19X-RAY DIFFRACTION19{D|64 - 81}D64 - 81
20X-RAY DIFFRACTION20{D|82 - 122}D82 - 122
21X-RAY DIFFRACTION21{D|123 - 149}D123 - 149
22X-RAY DIFFRACTION22{D|150 - 168}D150 - 168
23X-RAY DIFFRACTION23{D|169 - 187}D169 - 187
24X-RAY DIFFRACTION24{D|188 - 222}D188 - 222
25X-RAY DIFFRACTION25{D|223 - 248}D223 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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