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- PDB-8pmy: HEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p60.15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pmy
タイトルHEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p60.15
要素
  • Capsid protein
  • scFv_p60.15
キーワードVIRAL PROTEIN / HEV / P domain / non-glycosylated / glycan-insensitive / neutralizing antibody (nAb)
機能・相同性: / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / viral capsid / metal ion binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Paslahepevirus balayani (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Ssebyatika, G. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen Foundation9A888 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A novel class of broadly neutralizing hepatitis E virus-specific human antibodies
著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / ...著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / Juergens, C. / Steinmann, E. / Wedemeyer, H. / Viejo-Borbolla, A. / Dao Thi, L.V. / Pietschmann, T. / Luetgehetmann, M. / Meuleman, P. / Dandri, M. / Krey, T. / Behrendt, P.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv_p60.15
B: Capsid protein
L: scFv_p60.15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3976
ポリマ－77,2013
非ポリマー1963
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.19, 122.95, 158.67
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 scFv_p60.15


分子量: 27166.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: タンパク質 Capsid protein


分子量: 22868.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paslahepevirus balayani (ウイルス)
プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A6C0PR31
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 11% w/v PEG 8000, 0.1M Zinc acetate and 0.1M MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.406→48.64 Å / Num. obs: 21742 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 13.12 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 7.43
反射 シェル解像度: 2.406→2.492 Å / Num. unique obs: 2122 / CC1/2: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.406→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.223
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1087 -RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.2135 21738 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.468 Å20 Å20 Å2
2--24.3157 Å20 Å2
3----10.8477 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.406→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2888 0 3 107 2998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0072962HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.964036HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d964SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes491HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2962HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion395SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2507SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.21
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.42 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3985 21 -
Rwork0.3363 --
obs0.3393 435 98.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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