PDB-8pmx: rat HEV P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pmx

タイトル

rat HEV P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.12

要素

Fab p60.12-HC
Fab p60.12-LC
Pro-secreted protein ORF2

キーワード

VIRAL PROTEIN / rat HEV / P domain / non-glycosylated / glycan-sensitive / neutralizing antibody (nAb)

機能・相同性

機能・相同性情報

T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis E virus rat/R63/DEU/2009 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.922 Å

データ登録者

Ssebyatika, G. / Krey, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A novel class of broadly neutralizing hepatitis E virus-specific human antibodies
著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / ...

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pmx.cif.gz	284.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pmx.ent.gz	233.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pmx_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pmx_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	8pmx_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	8pmx_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pmwC 8pmyC 8pmzC 8pn0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pro-secreted protein ORF2

B: Pro-secreted protein ORF2

H: Fab p60.12-HC

L: Fab p60.12-LC

83.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.856, 112.856, 184.439
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Pro-secreted protein ORF2 / pORF2 / Protein ORF2 分子量: 17981.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis E virus rat/R63/DEU/2009 (ウイルス) プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: E0XL23
#2: 抗体	Fab p60.12-HC 分子量: 24858.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体	Fab p60.12-LC 分子量: 22903.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M di-Ammonium hydrogen phospahate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.89→48.68 Å / Num. obs: 20832 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.23 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.322 / Net I/σ(I): 7.68
反射シェル	解像度: 3.89→4.13 Å / Num. unique obs: 3268 / CC_1/2: 0.401

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.922→48.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.822 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.792 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R_free Blow DPI: 0.993

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3615	562	-	RANDOM
R_work	0.3	-	-	-
obs	0.3038	11444	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 196.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0162 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0162 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0324 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.66 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.922→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5571	0	0	0	5571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	5726	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.86	7834	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1821	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		939	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5726	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		772	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4044	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.17
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.49

LS精密化シェル

解像度: 3.922→3.97 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4738	20	-
R_work	0.363	-	-
obs	-	-	96.54 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-2.9104	-2.9104	0	2.9104	0	-0.1435	-0.5442	0.5442	-0.5442	-0.109	-0.5442	0.5442	-0.5442	0.2525	-0.0839	0.152	0.152	0.1724	0.0767	0.304	31.8787	-41.7857	-49.184
2	1.8883	2.9104	-2.9104	7.5318	1.7833	1.089	0.162	-0.4096	0.5442	-0.4096	0.2202	-0.5442	0.5442	-0.5442	-0.3822	0.304	-0.0877	-0.1231	-0.1937	-0.0005	0.304	27.6676	-40.4511	-32.9013
3	0	0.1028	-2.9104	8.3154	-2.9104	0	0.058	-0.5442	-0.5442	-0.5442	0.4283	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.4863	0.304	-0.152	-0.022	-0.304	0.0696	-0.0723	22.9406	-49.2329	-21.5147
4	8.3154	0.5651	2.9104	4.5578	2.9104	0	0.1784	0.5442	0.5442	0.5442	-0.3277	-0.1476	0.5442	-0.1476	0.1493	0.1995	0.152	-0.152	-0.1767	0.022	0.304	30.4619	-45.9744	-39.2669
5	0	2.9104	-2.9104	0	-2.6171	0	0	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.5442	0.5442	0.5442	0.304	0.152	-0.152	-0.304	-0.152	0.304	37.2113	-52.1525	-27.0424
6	0	-2.9104	-2.9104	0	0.7107	1.6812	0.2557	0.5442	0.5442	0.5442	-0.2885	-0.4035	0.5442	-0.4035	0.0328	0.304	-0.152	-0.152	-0.304	0.152	0.304	28.7224	-39.2199	-26.4939
7	0	2.0718	-0.6008	7.3786	-1.8733	4.4457	0.1722	0.2736	0.2631	0.2736	-0.372	-0.452	0.2631	-0.452	0.1998	0.304	-0.152	-0.152	-0.304	0.0497	0.0477	25.5138	-43.8827	-22.3978
8	0	-2.9104	-2.6029	6.4078	-0.4232	4.1309	0	0.5442	-0.3859	0.5442	0.5442	-0.0363	-0.3859	-0.0363	-0.5442	0.2721	0.152	-0.152	-0.304	0.0418	0.304	29.7602	-39.2984	-28.6908
9	8.0248	-2.9104	2.9104	0	-2.9104	0	0.0643	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.48	-0.2043	-0.5442	-0.2043	0.4157	0.1127	0.152	-0.152	0.304	0.0188	0.0168	29.8656	-19.1354	-47.6637
10	2.658	-2.2978	2.9104	1.0763	2.0759	0	0.2344	0.5442	-0.5442	0.5442	0.0754	-0.0729	-0.5442	-0.0729	-0.3098	0.2019	-0.152	-0.152	0.0658	0.1098	0.1693	31.5613	-22.9598	-31.3571
11	0	2.9104	2.9104	8.3154	0.5489	0	0.3317	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.1192	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.2125	0.304	-0.152	-0.152	-0.304	-0.127	0.2783	33.988	-16.1931	-18.6329
12	8.3154	2.9104	2.9104	8.3154	0.2004	2.3321	0.2496	0.5442	-0.5442	0.5442	0.045	0.0415	-0.5442	0.0415	-0.2946	0.0468	-0.152	-0.152	-0.1632	0.152	0.304	29.7012	-16.5888	-37.249
13	0	-2.9104	2.9104	0.3791	-0.8762	0	-0.1238	0.5388	0.5442	0.5388	0.4205	-0.5442	0.5442	-0.5442	-0.2967	0.304	0.1437	0.0755	-0.304	0.1263	0.304	21.2885	-11.3504	-25.4834
14	0	-2.0582	-1.6179	1.3237	1.0121	2.8709	0.3372	0.1788	-0.5442	0.1788	-0.1301	0.1568	-0.5442	0.1568	-0.2071	0.304	-0.0933	-0.152	-0.304	0.1147	0.304	29.6511	-25.0377	-25.4145
15	0	2.9104	2.9104	3.6608	2.9104	0.5367	0.1432	0.5442	0.0203	0.5442	0.2578	0.5442	0.0203	0.5442	-0.401	0.304	-0.152	-0.152	-0.304	0.152	0.2495	32.1265	-20.9394	-20.2707
16	8.3154	2.9104	-0.1027	3.7663	-2.9104	0	0.0618	0.5442	0.3579	0.5442	0.4206	0.1741	0.3579	0.1741	-0.4824	0.0605	0.152	-0.152	0.0327	0.0654	0.304	28.9452	-24.645	-27.764
17	0	2.9104	-2.9104	4.3868	-2.275	8.3154	0	0.5442	-0.225	0.5442	0.5442	-0.5442	-0.225	-0.5442	-0.5442	0.304	-0.152	0.152	0.0156	0.152	-0.304	9.0218	-46.6298	6.137
18	1.2654	2.9104	-2.9104	8.3154	-2.9104	8.3154	-0.2562	0.4146	0.5442	0.4146	0.0212	-0.5442	0.5442	-0.5442	0.235	0.304	-0.152	-0.0303	-0.034	0.152	-0.304	15.7108	-44.5833	22.0618
19	3.963	2.1874	0.1233	8.3154	2.9104	8.3154	0.0956	-0.1897	-0.5442	-0.1897	-0.4486	0.2879	-0.5442	0.2879	0.3531	0.304	-0.152	-0.152	-0.304	-0.0953	-0.304	31.797	-33.3357	10.7411
20	8.3154	-2.9104	2.9104	8.3154	2.9104	8.3154	0.3628	-0.0513	-0.5442	-0.0513	-0.1814	0.5442	-0.5442	0.5442	-0.1814	0.304	-0.152	-0.152	0.304	0.152	0.304	31.5165	-45.4505	38.9694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|454 - 464}	A	454 - 464
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|465 - 479}	A	465 - 479
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|480 - 500}	A	480 - 500
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|501 - 521}	A	501 - 521
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|522 - 536}	A	522 - 536
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|537 - 550}	A	537 - 550
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|551 - 594}	A	551 - 594
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|595 - 607}	A	595 - 607
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|454 - 464}	B	454 - 464
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|465 - 479}	B	465 - 479
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|480 - 500}	B	480 - 500
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|501 - 521}	B	501 - 521
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|522 - 536}	B	522 - 536
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|537 - 550}	B	537 - 550
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|551 - 594}	B	551 - 594
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|595 - 607}	B	595 - 607
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{H\|2 - 32}	H	2 - 32
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{H\|33 - 224}	H	33 - 224
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{L\|3 - 127}	L	3 - 127
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{L\|128 - 215}	L	128 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)