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- PDB-8pmr: NADase from Aspergillus fumigatus with mutated calcium binding mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pmr
タイトルNADase from Aspergillus fumigatus with mutated calcium binding motif (D219A/E220A)
要素Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NADase / NAD hydrolase / Ca-binding / homodimer / glycoprotein (糖タンパク質) / extracellular / TNT domain (トリニトロトルエン)
機能・相同性Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin / : / NAD+ヌクレオシダーゼ / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / extracellular region / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kallio, J.P. / Ferrario, E. / Stromland, O. / Ziegler, M.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Norwegian Research Council302314 ノルウェー
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Novel Calcium-Binding Motif Stabilizes and Increases the Activity of Aspergillus fumigatus Ecto-NADase.
著者: Ferrario, E. / Kallio, J.P. / Stromland, O. / Ziegler, M.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
B: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
C: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
D: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,40123
ポリマ－110,3124
非ポリマー6,08919
水10,935607
1
A: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
B: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,55410
ポリマ－55,1562
非ポリマー3,3988
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
C: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
D: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,84713
ポリマ－55,1562
非ポリマー2,69111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.897, 65.897, 488.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA / NADase / NAD(+) hydrolase nadA / NADP(+) hydrolase nadA


分子量: 27578.047 Da / 分子数: 4 / 変異: D219A/E220A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MIFTNAILVISALLPATVLS = signal sequence D219A/E220A mutation from the original sequence AfNADase sequence DVLFQGPGHHHHHH= 3c protease site and His-tag
由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (アスペルギルス・フミガーツス)
遺伝子: nadA, AFUA_6G14470
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q4WL81, NAD+ヌクレオシダーゼ, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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糖 , 6種, 11分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 615分子

#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#11: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: NaCl, MES, PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→39.32 Å / Num. obs: 85149 / % possible obs: 96.35 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 39.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0759 / Rpim(I) all: 0.02293 / Net I/σ(I): 18.85
反射 シェル解像度: 1.94→2.012 Å / Rmerge(I) obs: 2.11 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 6421 / CC1/2: 0.275 / Rpim(I) all: 0.885

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→39.32 Å / SU ML: 0.2765 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 4211 4.99 %
Rwork0.1821 80229 -
obs0.1838 84440 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→39.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6588 0 400 607 7595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00967220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1069891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06241109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00961270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.72332695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.960.4138670.38481010X-RAY DIFFRACTION37.25
1.96-1.990.4448960.39072088X-RAY DIFFRACTION74.64
1.99-2.010.34731460.34182451X-RAY DIFFRACTION89.58
2.01-2.040.3141360.28212697X-RAY DIFFRACTION96.76
2.04-2.060.27541310.25282767X-RAY DIFFRACTION98.37
2.06-2.090.27581040.23392723X-RAY DIFFRACTION99.09
2.09-2.120.26611340.2322863X-RAY DIFFRACTION99.57
2.12-2.150.27151700.22632693X-RAY DIFFRACTION99.72
2.15-2.190.29251430.21612777X-RAY DIFFRACTION99.62
2.19-2.220.27531450.21142729X-RAY DIFFRACTION99.38
2.22-2.260.21861440.20762829X-RAY DIFFRACTION99.77
2.26-2.30.26011510.20292683X-RAY DIFFRACTION99.61
2.3-2.350.25371350.20162826X-RAY DIFFRACTION99.7
2.35-2.40.25471560.20862710X-RAY DIFFRACTION99.86
2.4-2.450.21821610.1962801X-RAY DIFFRACTION99.7
2.45-2.50.25241580.19562700X-RAY DIFFRACTION99.37
2.5-2.570.28681620.20212757X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.640.24661560.20142830X-RAY DIFFRACTION99.77
2.64-2.710.21721420.18832716X-RAY DIFFRACTION99.69
2.71-2.80.22761320.19412761X-RAY DIFFRACTION99.69
2.8-2.90.25791530.19282784X-RAY DIFFRACTION99.83
2.9-3.020.23481450.20392789X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.160.21351410.20242788X-RAY DIFFRACTION99.97
3.16-3.320.19771380.19082758X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.530.23081290.17822781X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.80.21341500.16712785X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.180.1691780.14452743X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.790.1551390.13272790X-RAY DIFFRACTION99.97
4.79-6.030.19531270.15692826X-RAY DIFFRACTION100
6.03-39.320.20051420.18272774X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32105806465-0.0342689689135-0.9988490593650.756540305617-0.09145860131082.390006769530.145976028045-0.1194225826170.21212345011-0.0104320727839-0.002252475662480.0137982031496-0.3714353033260.228771891868-0.1217373628370.44600144695-0.1447331702410.02637777193630.280898500944-0.0524041410840.312022744249.5207245683119.3614086596-2.86068017871
21.21447011547-0.1816813410560.1666051459970.769032580814-0.2067769333863.627732682030.02494180780420.0916942744045-0.0439903153988-0.1304852635240.01648649095210.05708127540230.0771887523532-0.0366708946893-0.04192666807850.423133371243-0.07869199097580.0370972948350.225768893752-0.04799457578650.2855442704045.967452897843.72801749648-21.4636274119
31.204644297750.232854461789-0.01996748611011.620942122950.9202927950752.97637110719-0.07188414983040.06449068746280.0335843371782-0.1889626404930.161397457094-0.119289887966-0.01943843925330.258216715906-0.08205464902650.308082591189-0.1022393366740.01939456208170.300061666201-0.02646674592990.273946349068-10.671575422-7.7361498692518.5735919846
40.824667929439-0.03337991007180.9164759238671.494280673120.1591848213292.907776144150.083271649701-0.174436673199-0.1509029674140.0275144286442-0.02180331708910.2884661525140.428227799422-0.270643529313-0.05936691429470.348773354839-0.1111527792010.05116932523640.413186748298-0.04148275312790.378311449543-23.33960638-17.313702811736.8035923092
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'A' and resid 23 through 600)AA23 - 600
22(chain 'B' and resid 25 through 600)BB25 - 600
33(chain 'C' and resid 23 through 700)CC23 - 700
44(chain 'D' and resid 24 through 502)DD24 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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