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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pms | ||||||
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タイトル | NADase from Aspergillus fumigatus with replaced C-terminus from Neurospora crassa | ||||||
![]() | Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA | ||||||
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機能・相同性 | Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin / : / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kallio, J.P. / Ferrario, E. / Stromland, O. / Ziegler, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Novel Calcium-Binding Motif Stabilizes and Increases the Activity of Aspergillus fumigatus Ecto-NADase. 著者: Ferrario, E. / Kallio, J.P. / Stromland, O. / Ziegler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 396.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 273.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 26651.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MIFTNAILVISALLPATVLS = signal sequence EDPQRLVPRNYGT at the C-terminus is from N.crassa NADase, replacing the original C-terminus of AfNADase DVLFQGPGHHHHHH = 3C protease site and His-tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: nadA, AFUA_6G14470 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4WL81, ![]() ![]() |
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-糖 , 4種, 12分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-非ポリマー , 4種, 143分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/AKR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/AKR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ![]() #7: 化合物 | ![]() #8: 化合物 | ChemComp-AKR / ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: MgCl2, HEPES and Polyacrylic acid 5100 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.4→46.67 Å / Num. obs: 75255 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 14.38 % / Biso Wilson estimate: 73.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08156 / Rpim(I) all: 0.02955 / Net I/σ(I): 14.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.486 Å / Rmerge(I) obs: 2.137 / Num. unique obs: 7381 / CC1/2: 0.456 / Rpim(I) all: 0.7324 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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