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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pm3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL94 | ||||||
要素 | Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Kinase / Covalent / inhibitor / MAP2K6 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of prostaglandin secretion / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / p38MAPK cascade ...cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of prostaglandin secretion / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / p38MAPK cascade / PI5P Regulates TP53 Acetylation / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / signal transduction in response to DNA damage / cardiac muscle contraction / stress-activated MAPK cascade / regulation of signal transduction by p53 class mediator / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / response to ischemia / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / PKR-mediated signaling / Interleukin-1 signaling / osteoblast differentiation / MAPK cascade / cellular senescence / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, G.Q. / Seidler, N. / Roehm, S. / Gehringer, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL94 著者: Wang, G.Q. / Seidler, N. / Roehm, S. / Gehringer, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pm3.cif.gz | 231.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pm3.ent.gz | 184.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pm3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pm3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pm3_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pm3_validation.xml.gz | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pm3_validation.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pm3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32749.885 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIG is a covalent compound / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K6, MEK6, MKK6, PRKMK6, SKK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase #2: 化合物 | ChemComp-ZLE / ~{ #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M magnesium chloride -- 30% PEG500MME -- 0.1M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.62 Å / Num. obs: 88885 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4551 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.921 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.296 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→48.62 Å
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拘束条件 |
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