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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pkd | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Orrella dioscoreae BcsD | ||||||
![]() | Cellulose synthase operon protein D | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial cytoskeleton / bacterial cellulose / bacterial secretion / bacterial biofilms | ||||||
機能・相同性 | Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / cellulose biosynthetic process / Cellulose synthase operon protein D![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
![]() | Puygrenier, L. / Decossas, M. / Krasteva, P.V. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structures and roles of BcsD and partner scaffold proteins in proteobacterial cellulose secretion. 著者: Thibault G Sana / Areti Notopoulou / Lucie Puygrenier / Marion Decossas / Sandra Moreau / Aurélien Carlier / Petya V Krasteva / ![]() ![]() 要旨: Cellulose is the world's most abundant biopolymer, and similar to its role as a cell wall component in plants, it is a prevalent constituent of the extracellular matrix in bacterial biofilms. ...Cellulose is the world's most abundant biopolymer, and similar to its role as a cell wall component in plants, it is a prevalent constituent of the extracellular matrix in bacterial biofilms. Although bacterial cellulose (BC) was first described in the 19 century, it was only recently revealed that it is produced by several distinct types of Bcs secretion systems that feature multiple accessory subunits in addition to a catalytic BcsAB synthase tandem. We recently showed that crystalline cellulose secretion in the Gluconacetobacter genus (α-Proteobacteria) is driven by a supramolecular BcsH-BcsD scaffold-the "cortical belt"-which stabilizes the synthase nanoarrays through an unexpected inside-out mechanism for secretion system assembly. Interestingly, while bcsH is specific for Gluconacetobacter, bcsD homologs are widespread in Proteobacteria. Here, we examine BcsD homologs and their gene neighborhoods from several plant-colonizing β- and γ-Proteobacteria proposed to secrete a variety of non-crystalline and/or chemically modified cellulosic polymers. We provide structural and mechanistic evidence that through different quaternary structure assemblies BcsD acts with proline-rich BcsH, BcsP, or BcsO partners across the proteobacterial clade to form synthase-interacting intracellular scaffolds that, in turn, determine the biofilm strength and architecture in species with strikingly different physiology and secreted biopolymers. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17735MC ![]() 8pocC ![]() 8pogC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17448.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Orrella dioscoreae BcsD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.0697 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 100 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 8.0 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was monodispersed, size-exclusion purified protein. |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 51.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 19118 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6563631 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2032604 詳細: All refinements (heterorefinement and non-uniform refinement performed in cryoSPARC) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: Iterative model building and refinement in Coot, Namdinator and Phenix. | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |