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- PDB-8pkb: Staphylococcus aureus endonuclease IV with bound phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pkb
タイトルStaphylococcus aureus endonuclease IV with bound phosphate
要素Probable endonuclease 4
キーワードHYDROLASE / endonuclease IV / DNA repair / metalloenzyme / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease family 2 / AP endonuclease 2 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Probable endonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Saper, M. / Kirillov, S. / Rouvinski, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Octahedral Iron in Catalytic Sites of Endonuclease IV from Staphylococcus aureus and Escherichia coli .
著者: Kirillov, S. / Isupov, M. / Paterson, N.G. / Wiener, R. / Abeldenov, S. / Saper, M.A. / Rouvinski, A.
履歴
登録2023年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5597
ポリマ－33,2161
非ポリマー3436
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.548, 84.040, 103.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable endonuclease 4 / Endodeoxyribonuclease IV / Endonuclease IV


分子量: 33215.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: nfo, SAR1634 / プラスミド: pET11b-SaNfo / 詳細 (発現宿主): Amp resistant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BH110(DE3) / 参照: UniProt: Q6GGE2, deoxyribonuclease IV

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非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 nl protein mixed with 200 nl precipitant Protein: 9 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl was mixed with 20 mM phosphate (final concentration). Precipitant: 28% PEG 3350, 250 mM ...詳細: 200 nl protein mixed with 200 nl precipitant Protein: 9 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl was mixed with 20 mM phosphate (final concentration). Precipitant: 28% PEG 3350, 250 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月1日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44 Å / Num. obs: 50721 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 30.48 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2088 / Rpim(I) all: 0.09284 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obs% possible allRrim(I) all
3.79-445.490.09220362499.97
3.01-3.795.930.1953458100
2.63-3.016.170.3239.234151000.352
2.39-2.635.820.4315.8339199.940.472
2.22-2.395.740.5824.233901000.638
2.09-2.225.930.6623.133871000.724
1.98-2.096.080.9542.01335199.971.045
1.9-1.986.141.1651.533431002.278

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44 Å / SU ML: 0.2396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 22.3196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 2586 5.1 %
Rwork0.1877 48135 -
obs0.1888 50721 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 10 174 2517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75953279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4943327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.33311520.30532715X-RAY DIFFRACTION99.55
1.94-1.980.34121770.28632599X-RAY DIFFRACTION99.71
1.98-2.020.28791580.27842704X-RAY DIFFRACTION99.76
2.02-2.070.27281540.26752633X-RAY DIFFRACTION99.68
2.07-2.120.27681470.24482711X-RAY DIFFRACTION99.44
2.12-2.170.30061540.2352651X-RAY DIFFRACTION99.57
2.17-2.240.24561530.23242693X-RAY DIFFRACTION99.16
2.24-2.310.26581340.232670X-RAY DIFFRACTION99.12
2.31-2.390.27771370.22142704X-RAY DIFFRACTION99.72
2.39-2.490.26751390.20232661X-RAY DIFFRACTION99.47
2.49-2.60.21131540.20222685X-RAY DIFFRACTION99.61
2.6-2.740.20641270.18972711X-RAY DIFFRACTION99.86
2.74-2.910.24431340.18442686X-RAY DIFFRACTION99.37
2.91-3.140.23551280.18452709X-RAY DIFFRACTION99.3
3.14-3.450.18531510.16192643X-RAY DIFFRACTION98.59
3.45-3.950.19221050.15672664X-RAY DIFFRACTION97.91
3.95-4.980.13021450.13262625X-RAY DIFFRACTION97.43
4.98-440.17611370.18262671X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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