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万見
- PDB-8rly: E. coli endonuclease IV complexed with sulfate, catalytic Fe2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rly
タイトルE. coli endonuclease IV complexed with sulfate, catalytic Fe2+
要素Endonuclease 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / bacterial endonuclease IV / catalytic iron
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / phosphoric diester hydrolase activity / phosphatase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding ...deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / phosphoric diester hydrolase activity / phosphatase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease family 2 / AP endonuclease 2 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Endonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Saper, M.A. / Paterson, N.G. / Kirillov, S. / Rouvinski, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Octahedral Iron in Catalytic Sites of Endonuclease IV from Staphylococcus aureus and Escherichia coli .
著者: Kirillov, S. / Isupov, M. / Paterson, N.G. / Wiener, R. / Abeldenov, S. / Saper, M.A. / Rouvinski, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 4
B: Endonuclease 4
C: Endonuclease 4
D: Endonuclease 4
E: Endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,83338
ポリマ－157,5925
非ポリマー2,24033
水20,1411118
1
A: Endonuclease 4
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 5 molecules (chains) per asymmetric unit. I don't think I specified the assembly correctly below. The matrices, when applied to chain A generate the other chains, I think.
  • 32.2 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1699
ポリマ－31,5181
非ポリマー6518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9548
ポリマ－31,5181
非ポリマー4367
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9548
ポリマ－31,5181
非ポリマー4367
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8606
ポリマ－31,5181
非ポリマー3415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8957
ポリマ－31,5181
非ポリマー3776
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.780, 115.980, 177.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Endonuclease 4 / Endodeoxyribonuclease IV / Endonuclease IV


分子量: 31518.496 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminus not resolved in some of the chains. / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nfo, b2159, JW2146 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BH110(DE3) / 参照: UniProt: P0A6C1, deoxyribonuclease IV

-
非ポリマー , 7種, 1151分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 microliter protein mixed with 2 microliter precipitant. Protein: 12.5 mg/ml, 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl. Precipitant: 0.1 M HEPES pH 7.0, 15% Polyethylene Glycol 3,350, 10 mM ...詳細: 1 microliter protein mixed with 2 microliter precipitant. Protein: 12.5 mg/ml, 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl. Precipitant: 0.1 M HEPES pH 7.0, 15% Polyethylene Glycol 3,350, 10 mM Magnesium chloride hexahydrate, 5 mM nickel (II) chloride hexahydrate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11701N
21701N
31701N
41701N
51701N
61701N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0311.7712
シンクロトロンDiamond I0321.6984
シンクロトロンDiamond I0331.5028
シンクロトロンDiamond I0341.476
シンクロトロンDiamond I0351.3051
シンクロトロンDiamond I0361.2782
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2023年11月29日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2023年11月29日
DECTRIS EIGER X 16M3PIXEL2023年11月29日
DECTRIS EIGER X 16M4PIXEL2023年11月29日
DECTRIS EIGER X 16M5PIXEL2023年11月29日
DECTRIS EIGER X 16M6PIXEL2023年11月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
6SINGLE WAVELENGTHMx-ray6
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.77121
21.69841
31.50281
41.4761
51.30511
61.27821
反射解像度: 1.9→97.12 Å / Num. obs: 193287 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06475 / Rrim(I) all: 0.07067 / Net I/av σ(I): 14.86 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3256 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 372 / CC1/2: 0.772 / Rpim(I) all: 0.3083 / Rrim(I) all: 0.4496 / % possible all: 21.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5190精密化
xia23.17.0データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QTW

1qtw


解像度: 1.9→97.12 Å / SU ML: 0.1741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 9776 5.07 %
Rwork0.1565 182902 -
obs0.159 192678 87.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→97.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10994 0 67 1118 12179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009611274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.967415256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05561670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01131997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.29394047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.255880.2741504X-RAY DIFFRACTION21.72
1.92-1.940.32011170.2512259X-RAY DIFFRACTION32.6
1.94-1.970.29471590.22653063X-RAY DIFFRACTION44.06
1.97-1.990.27561670.20893885X-RAY DIFFRACTION54.76
1.99-2.020.25552530.19944373X-RAY DIFFRACTION63.81
2.02-2.050.24172800.18224967X-RAY DIFFRACTION71.45
2.05-2.080.23362870.17375485X-RAY DIFFRACTION79.35
2.08-2.110.24712800.1715986X-RAY DIFFRACTION85.26
2.11-2.140.233520.16636463X-RAY DIFFRACTION93.18
2.14-2.170.21033870.15566632X-RAY DIFFRACTION95.59
2.18-2.210.20873730.14996753X-RAY DIFFRACTION97.64
2.21-2.250.22083610.15986730X-RAY DIFFRACTION96.49
2.25-2.30.20793720.15726879X-RAY DIFFRACTION99.68
2.3-2.340.22543460.15736831X-RAY DIFFRACTION98.59
2.34-2.390.21714000.15546918X-RAY DIFFRACTION99.62
2.39-2.450.23313660.16356929X-RAY DIFFRACTION99.51
2.45-2.510.23063680.16247000X-RAY DIFFRACTION99.88
2.51-2.580.21293920.15726884X-RAY DIFFRACTION99.99
2.58-2.650.21343750.16026934X-RAY DIFFRACTION99.99
2.65-2.740.20293420.16186928X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.840.22064120.16426940X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.950.22233920.17256952X-RAY DIFFRACTION99.99
2.95-3.090.22363610.17736916X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.250.23263360.17266988X-RAY DIFFRACTION99.99
3.25-3.450.20823790.16146943X-RAY DIFFRACTION99.99
3.45-3.720.18973080.1467018X-RAY DIFFRACTION99.95
3.72-4.090.18884230.1326917X-RAY DIFFRACTION99.97
4.09-4.690.14433190.11756981X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.90.17574000.14066929X-RAY DIFFRACTION100
5.9-97.120.18293810.15566915X-RAY DIFFRACTION99.81

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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