[日本語] English
万見
- PDB-8pjf: Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting P11T->R ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pjf
タイトルHuman Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting P11T->R modified influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAR
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-II / HLA-DR / HLA-DR1 / human leukocyte antigen / major histocompatibility complex / major histocompatibility complex class 2 / influenza A virus / flu / haemagglutinin / HA / infection / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / viral budding from plasma membrane / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell activation / cognition / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / early endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / host cell surface receptor binding / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者MacLachlan, B.J. / Wall, A. / Greenshields-Watson, A.L. / Cole, D.K. / Rizkallah, P.J. / Godkin, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust209213/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: A targeted single mutation in influenza A virus universal epitope transforms immunogenicity and protective immunity via CD4 + T cell activation.
著者: Hulin-Curtis, S. / Geary, J.K. / MacLachlan, B.J. / Altmann, D.M. / Baillon, L. / Cole, D.K. / Greenshields-Watson, A. / Hesketh, S.J. / Humphreys, I.R. / Jones, I.M. / Lauder, S.N. / Mason, ...著者: Hulin-Curtis, S. / Geary, J.K. / MacLachlan, B.J. / Altmann, D.M. / Baillon, L. / Cole, D.K. / Greenshields-Watson, A. / Hesketh, S.J. / Humphreys, I.R. / Jones, I.M. / Lauder, S.N. / Mason, G.H. / Smart, K. / Scourfield, D.O. / Scott, J. / Sukhova, K. / Stanton, R.J. / Wall, A. / Rizkallah, P.J. / Barclay, W.S. / Gallimore, A. / Godkin, A.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
C: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,18225
ポリマ－45,6133
非ポリマー1,56922
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.350, 134.430, 40.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21562.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Human leukocyte antigen DRB1 / HLA-DRB1


分子量: 22487.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01911

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 1562.896 Da / 分子数: 1 / Mutation: T318R / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03435

-
非ポリマー , 3種, 328分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MES pH 7.0, 25 % PEG4000, 0.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→54.14 Å / Num. obs: 83579 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0797 / Rpim(I) all: 0.0324 / Rrim(I) all: 0.0861 / Net I/σ(I): 12.79
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 8248 / CC1/2: 0.527 / CC star: 0.831 / Rpim(I) all: 0.653 / Rrim(I) all: 1.755 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→54.14 Å / SU ML: 0.168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 4216 5.06 %
Rwork0.1671 79166 -
obs0.1684 83382 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→54.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3157 0 94 306 3557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01423431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40074656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0146600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5845473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.50.35071380.30292623X-RAY DIFFRACTION99.86
1.5-1.510.32281340.2862586X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.530.27021290.27142638X-RAY DIFFRACTION99.89
1.53-1.550.33391160.25932622X-RAY DIFFRACTION99.85
1.55-1.570.29111370.24652570X-RAY DIFFRACTION99.85
1.57-1.590.25891410.2282651X-RAY DIFFRACTION99.89
1.59-1.620.24141240.22592623X-RAY DIFFRACTION99.78
1.62-1.640.26031320.21422607X-RAY DIFFRACTION99.67
1.64-1.670.25241500.21412623X-RAY DIFFRACTION99.93
1.67-1.690.22431480.2052599X-RAY DIFFRACTION99.75
1.69-1.720.23871260.20552620X-RAY DIFFRACTION99.64
1.72-1.750.23571280.20212631X-RAY DIFFRACTION99.71
1.75-1.790.24131510.19172578X-RAY DIFFRACTION99.96
1.79-1.830.21141610.17962649X-RAY DIFFRACTION99.96
1.83-1.860.21341300.16792595X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.910.20591490.172655X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.960.19421350.16862615X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.010.19571410.16212662X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.070.17331570.16412579X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.130.19661400.1672654X-RAY DIFFRACTION99.82
2.13-2.210.20611450.16862628X-RAY DIFFRACTION99.82
2.21-2.30.18711600.1592625X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.40.20131190.16542682X-RAY DIFFRACTION99.82
2.4-2.530.1971640.16472639X-RAY DIFFRACTION99.89
2.53-2.690.15991340.16572680X-RAY DIFFRACTION99.86
2.69-2.90.17991470.16762643X-RAY DIFFRACTION99.43
2.9-3.190.18711610.1592636X-RAY DIFFRACTION99.11
3.19-3.650.19191350.1542713X-RAY DIFFRACTION99.27
3.65-4.60.14431410.13512699X-RAY DIFFRACTION98.58
4.6-54.140.17491430.15532841X-RAY DIFFRACTION97.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21131938992-0.00893367907047-0.7553657658633.362618799390.2412482127842.62231212205-0.181069392386-0.136641196124-0.09416089084950.06163147631980.08926990400970.03985024044720.0609021335779-0.1479908589940.06640444964070.1226075399930.0040859118864-0.009842963176410.140358594389-0.005482837256880.10902155588530.311655416119.124380199817.2240010346
26.97811780565-2.116541122591.147403453354.3134425969-1.598336966034.4824080985-0.00744825226678-0.2932296194320.1053209322650.322855661510.188681529409-0.346367099511-0.08985758782690.305127221519-0.1413269489850.157108696510.0227464501304-0.04185934108080.177756235238-0.04135049646140.14523108579832.184267407129.473788550124.3710855052
31.55362219967-0.793388537613-0.963684369092.561459291980.008089721139942.27053009749-0.406064002504-0.168344956495-0.4900152763780.2450437760530.0382870079255-0.03816350075240.4271245129410.05304821261920.3050814088170.1772239216040.01787549091630.0529845563040.1624133891570.02882026533650.29385303687938.40397873748.0182775950916.1134307657
44.360696141150.251440946344-0.6562313763393.51465654699-1.420540857434.958711826370.1690779257160.3396894151290.6085289437250.119717605495-0.1410788357280.389441133049-0.476400354734-0.0710490810553-0.0608399040210.1466678089040.0149430188384-0.02237744156960.2133932887930.06170749538290.24473972941533.807681537341.39852595870.523567819007
51.647305737620.311681154426-0.5946054544895.59539744158-0.9960189251881.728557974850.005776278384620.04448083853890.16479973983-0.00321172779388-0.0634311874099-0.057451155218-0.126542025495-0.01309946874120.04918100958680.1046021443580.00118599498924-0.02182623250370.149886690207-0.007866763265030.12320945938.260250574230.2951555546.52212362514
62.73390484088-1.17857976644-0.2619478417136.98411356589-1.337870781352.904235145630.05913475469840.3967618600210.371551055282-0.4556960723060.0284842815844-0.225410045378-0.266593837759-0.0835242162466-0.02454889398820.1755109129240.01150712910060.03153061403830.2514133886560.06298061972790.19461763478843.202742899333.9947565244-2.6979768345
71.440959058940.0324759967844-0.4286045435611.747580141750.2257295181960.913918013551-0.3010757764340.00909821380581-0.4568610419950.251997787217-0.01495522130280.2811455767660.272603921856-0.1897379354030.2801421853840.220449977775-0.01525479607310.1011013878480.207292545683-0.02043189672590.28931472004923.477322814110.438550219719.0842335445
81.65085306552-0.6807290703831.084790283221.82292713401-0.6010141740812.867545827870.0547799519060.1633631826410.0791711407742-0.168317811243-0.0007477137026530.0454835823985-0.07171669104850.0981810712003-0.04638342419750.1367739258060.00125364620845-0.002063152502320.1547423680410.0004681098041510.1434528876817.494821783443.4976096026-2.09621642435
95.62962770789-4.3958768547-2.995334903724.025427905563.800333930315.18725837267-0.712751080893-0.354074019357-0.5504424706531.078129127240.463695722397-0.1051511738650.6700153452950.235859662820.2078590990330.3005487493170.04876123368710.1009595732120.2548835461580.05190012640620.2642129224328.855032042612.140449853827.3261618184
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 26 )AA2 - 261 - 25
22chain 'A' and (resid 27 through 55 )AA27 - 5526 - 54
33chain 'A' and (resid 56 through 87 )AA56 - 8755 - 86
44chain 'A' and (resid 88 through 101 )AA88 - 10187 - 100
55chain 'A' and (resid 102 through 154 )AA102 - 154101 - 153
66chain 'A' and (resid 155 through 181 )AA155 - 181154 - 180
77chain 'B' and (resid 0 through 89 )BB0 - 891 - 90
88chain 'B' and (resid 90 through 190 )BB90 - 19091 - 191
99chain 'C' and (resid 1 through 13 )CC1 - 131 - 13

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る