+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pj8 | ||||||
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Title | FKBP51FK1 F67E/K60Orn (i, i+7) in complex with SAFit1 | ||||||
Components | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / FKBP51FK1 / SAFit1 / Inhibitor / Lactambridge | ||||||
Function / homology | Function and homology information FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Meyners, C. / Charalampidou, A. / Hausch, F. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Acs Cent.Sci. / Year: 2024 Title: Automated Flow Peptide Synthesis Enables Engineering of Proteins with Stabilized Transient Binding Pockets. Authors: Charalampidou, A. / Nehls, T. / Meyners, C. / Gandhesiri, S. / Pomplun, S. / Pentelute, B.L. / Lermyte, F. / Hausch, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pj8.cif.gz | 147.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8pj8.ent.gz | 87.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pj8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pj8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8pjaC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13934.856 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A19T, M48NLE, K60ORN, F67E, M97NLE, C103A, C107I / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase |
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#2: Chemical | ChemComp-GY1 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 30% PEG3350, 0.2M NH4-acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 21, 2023 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→45.22 Å / Num. obs: 20120 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 8.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 18.7 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5→36.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.212 / WRfactor Rwork: 0.187 / SU B: 2.811 / SU ML: 0.052 / Average fsc free: 0.9709 / Average fsc work: 0.9765 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077 Details: Hydrogens have been used if present in the input file
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.414 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→36.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 5.6591 Å / Origin y: -1.8767 Å / Origin z: -14.6562 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |