PDB-8pja: FKBP51FK1 F67E/K58 (i, i+9) in complex with SAFit1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pja

タイトル

FKBP51FK1 F67E/K58 (i, i+9) in complex with SAFit1

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51FK1 / SAFit1 / Inhibitor / Lactambridge

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Meyners, C. / Charalampidou, A. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2024
タイトル: Automated Flow Peptide Synthesis Enables Engineering of Proteins with Stabilized Transient Binding Pockets.
著者: Charalampidou, A. / Nehls, T. / Meyners, C. / Gandhesiri, S. / Pomplun, S. / Pentelute, B.L. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pja.cif.gz	144.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pja.ent.gz	86.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pja	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pj8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.063, 48.541, 56.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor- ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 13949.890 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, M48NLE, F67E, M97NLE, C103A, C107I / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GY1 / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 747.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₃NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 32% PEG 3350, 0.2M NH4-acetate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→42.06 Å / Num. obs: 15660 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.76-42.06	6.8	0.022	126	1	0.011	0.025
1.6-1.63	8.7	1.536	760	0.527	0.801	1.737

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→36.715 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 4.606 / SU ML: 0.075 / Average fsc free: 0.9621 / Average fsc work: 0.9665 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	779	4.989 %
R_work	0.186	14836	-
all	0.187	-	-
obs	-	15615	99.459 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.129 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.949 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.304 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.645 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.715 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	940	0	70	54	1064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.726	1.731	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.206	1.667	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.241	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.686	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.915	10	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.877	10	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.345	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.412	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.744	1.735	510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.743	1.735	510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.899	3.116	627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.897	3.114	628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.235	1.891	519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.233	1.891	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.552	3.365	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.55	3.364	758
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.333	20.273	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.341	20.244	1161

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.334	51	0.291	1080	0.293	1142	0.9	0.911	99.0368	0.282
1.641-1.686	0.299	46	0.288	1069	0.288	1126	0.914	0.92	99.0231	0.275
1.686-1.735	0.205	46	0.26	1019	0.257	1071	0.955	0.942	99.4398	0.242
1.735-1.788	0.24	63	0.218	965	0.219	1029	0.956	0.962	99.9028	0.195
1.788-1.847	0.254	52	0.205	966	0.207	1022	0.957	0.967	99.6086	0.18
1.847-1.912	0.245	62	0.188	910	0.191	976	0.956	0.976	99.5902	0.166
1.912-1.984	0.159	51	0.158	903	0.158	958	0.986	0.983	99.5825	0.135
1.984-2.064	0.196	49	0.155	885	0.158	942	0.974	0.983	99.1507	0.131
2.064-2.156	0.164	41	0.155	832	0.155	876	0.984	0.985	99.6575	0.137
2.156-2.261	0.213	37	0.163	796	0.165	836	0.975	0.983	99.6412	0.144
2.261-2.382	0.202	38	0.165	774	0.167	813	0.976	0.983	99.877	0.147
2.382-2.526	0.211	51	0.17	712	0.173	765	0.98	0.983	99.7386	0.148
2.526-2.7	0.214	33	0.176	691	0.178	732	0.978	0.981	98.9071	0.157
2.7-2.915	0.258	37	0.185	634	0.188	672	0.973	0.979	99.8512	0.169
2.915-3.191	0.209	29	0.185	604	0.186	634	0.968	0.978	99.8423	0.175
3.191-3.564	0.194	30	0.177	539	0.178	570	0.974	0.981	99.8246	0.174
3.564-4.109	0.223	17	0.179	495	0.18	520	0.971	0.979	98.4615	0.185
4.109-5.017	0.207	23	0.161	413	0.164	439	0.972	0.985	99.3166	0.167
5.017-7.03	0.253	12	0.224	347	0.225	362	0.975	0.971	99.1713	0.231
7.03-36.715	0.13	11	0.216	202	0.21	215	0.975	0.964	99.0698	0.231

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.2027 Å / Origin y: -2.9569 Å / Origin z: 15.0401 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0029 Å²	0.0018 Å²	-0.0032 Å²	-	0.0406 Å²	-0.0065 Å²	-	-	0.0429 Å²
L	1.3222 °²	0.274 °²	-0.2692 °²	-	1.183 °²	-0.0515 °²	-	-	1.8007 °²
S	-0.039 Å °	0.0078 Å °	-0.0122 Å °	-0.0508 Å °	-0.0075 Å °	0.0388 Å °	-0.002 Å °	-0.0562 Å °	0.0465 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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