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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pj7 | ||||||
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タイトル | MLLT3 in complex with compound PFI-6 | ||||||
要素 | Protein AF-9 | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / complex inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / 染色体 / 遺伝子発現 / histone binding / molecular adaptor activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Raux, B. / Diaz-Saez, L. / Huber, K.V.M. / Fedorov, O. / Owen, D.R. / Londregan, A.T. / Bountra, C. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023 タイトル: Discovery of PFI-6, a small-molecule chemical probe for the YEATS domain of MLLT1 and MLLT3. 著者: Raux, B. / Buchan, K.A. / Bennett, J. / Christott, T. / Dowling, M.S. / Farnie, G. / Fedorov, O. / Gamble, V. / Gileadi, C. / Giroud, C. / Huber, K.V.M. / Korczynska, M. / Limberakis, C. / ...著者: Raux, B. / Buchan, K.A. / Bennett, J. / Christott, T. / Dowling, M.S. / Farnie, G. / Fedorov, O. / Gamble, V. / Gileadi, C. / Giroud, C. / Huber, K.V.M. / Korczynska, M. / Limberakis, C. / Narayanan, A. / Owen, D.R. / Saez, L.D. / Stock, I.A. / Londregan, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pj7.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pj7.ent.gz | 32.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pj7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8pjiC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17458.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568 |
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-非ポリマー , 5種, 113分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZJ9 / ~{ | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Bis-Tris pH=7.0 150 mM AmSO4 Gradient 20-30% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→46 Å / Num. obs: 42219 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 27.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07432 / Rpim(I) all: 0.01379 / Rrim(I) all: 0.07564 / Net I/σ(I): 20.71 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.305 Å / Rmerge(I) obs: 1.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 4068 / Rpim(I) all: 0.482 / Rsym value: 1.672 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.233 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.079 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.26→46 Å
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拘束条件 |
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