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- PDB-8pi6: Crystal structure of the monomeric zinc free human insulin A22K, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pi6
タイトルCrystal structure of the monomeric zinc free human insulin A22K, B3E, B26E, B29R, desB30 precursor with a Ser-Glu-Asp-Trp-Trp-Arg C-peptide and a Glu-Glu-Gly-Glu-Pro-Arg N-terminal extension
要素Insulin B chain,Insulin A chain
キーワードHORMONE / insulin / precursor / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / negative regulation of lipid catabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / Regulation of insulin secretion / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Johansson, E. / Schluckebier, G.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Not funded デンマーク
引用ジャーナル: Trends Biotechnol / 年: 2024
タイトル: Molecular engineering of insulin for recombinant expression in yeast.
著者: Kjeldsen, T. / Andersen, A.S. / Hubalek, F. / Johansson, E. / Kreiner, F.F. / Schluckebier, G. / Kurtzhals, P.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin B chain,Insulin A chain
B: Insulin B chain,Insulin A chain
C: Insulin B chain,Insulin A chain
D: Insulin B chain,Insulin A chain
E: Insulin B chain,Insulin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9815
ポリマ－36,9815
非ポリマー00
水28816
1
A: Insulin B chain,Insulin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3961
ポリマ－7,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Insulin B chain,Insulin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3961
ポリマ－7,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Insulin B chain,Insulin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3961
ポリマ－7,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Insulin B chain,Insulin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3961
ポリマ－7,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Insulin B chain,Insulin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3961
ポリマ－7,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.240, 60.020, 90.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Insulin B chain,Insulin A chain


分子量: 7396.271 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 8 mg/ml protein in water precipitant: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1.o M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.075 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→45.88 Å / Num. obs: 14677 / % possible obs: 84.68 % / 冗長度: 109.8 % / Biso Wilson estimate: 41.94 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.01512 / Rrim(I) all: 0.1727 / Net I/σ(I): 33.01
反射 シェル解像度: 2.14→2.219 Å / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 2.496 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 726 / CC1/2: 0.0712 / CC star: 0.365 / Rpim(I) all: 0.5138 / Rrim(I) all: 2.562 / % possible all: 44.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
HKL2Map位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→45.88 Å / SU ML: 0.2676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 34.4413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 1390 9.94 %
Rwork0.2378 12594 -
obs0.243 13984 84.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→45.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 0 0 16 2302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182357
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52013193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7551311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.220.3867700.4513656X-RAY DIFFRACTION44.87
2.22-2.310.39251010.3594908X-RAY DIFFRACTION62.55
2.31-2.410.3741270.32451141X-RAY DIFFRACTION77.98
2.41-2.540.31751380.28111231X-RAY DIFFRACTION84.45
2.54-2.70.32341470.2811311X-RAY DIFFRACTION89.67
2.7-2.910.3821440.30271367X-RAY DIFFRACTION92.3
2.91-3.20.30441570.26581419X-RAY DIFFRACTION95.75
3.2-3.660.30111630.23991470X-RAY DIFFRACTION98.08
3.66-4.610.27361650.19671497X-RAY DIFFRACTION98.93
4.61-45.880.2361780.19941594X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.4524471165 Å / Origin y: 65.770051835 Å / Origin z: 82.5634760152 Å
111213212223313233
T0.22385873665 Å2-0.0181292366532 Å2-0.0312291707996 Å2-0.32357026202 Å2-0.0156804799795 Å2--0.129379031979 Å2
L0.588678353765 °2-0.224359917688 °2-0.331966836156 °2-0.82213179722 °2-0.330423659663 °2--0.996888283131 °2
S-0.00940211826019 Å °-0.0269265768922 Å °-0.0421415122721 Å °0.0629819483566 Å °-0.0274519272117 Å °0.0257553097211 Å °0.223313349123 Å °-0.0659990416274 Å °0.0237832339152 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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