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万見
- PDB-8pel: Structure of C. thermophilum RNA exosome core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pel
タイトルStructure of C. thermophilum RNA exosome core
要素
  • (Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing ...) x 3
  • (Putative exosome ...) x 2
  • Exoribonuclease-like protein
  • Exosome complex component MTR3
  • Ribosomal RNA-processing protein 40
  • Rrp45
キーワードRNA BINDING PROTEIN / nuclease / RNA degradation / RNA metabolism / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing ...TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / : / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / : / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / RNA processing / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 ...Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / : / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / KH domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA-processing protein 42 / Ribosomal RNA-processing protein 40 / Ribosomal RNA-processing protein 43 / Uncharacterized protein / Putative exosome complex protein / Uncharacterized protein / Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein / Putative exosome 3'->5 protein / Exosome complex component MTR3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Lazzaretti, D. / Holdermann, I. / Sprangers, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SP 1324/3-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Beyond static structures: quantitative dynamics in the eukaryotic RNA exosome complex
著者: Liebau, J. / Lazzaretti, D. / Bichler, A. / Pilsl, M. / Sprangers, R.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rrp45
B: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
C: Exoribonuclease-like protein
D: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
E: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
F: Exosome complex component MTR3
G: Ribosomal RNA-processing protein 40
H: Putative exosome complex protein
I: Putative exosome 3'->5 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,7269
ポリマ－294,7269
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33600 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area95640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.525, 148.385, 195.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ACFG

#1: タンパク質 Rrp45


分子量: 32470.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0027490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S755
#3: タンパク質 Exoribonuclease-like protein


分子量: 39553.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0014300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1P1
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 30541.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: MTR3, CTHT_0115690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CT46
#7: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 27955.145 Da / 分子数: 1 / Mutation: G-1, A0 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0008000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZX8

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Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing ... , 3種, 3分子 BDE

#2: タンパク質 Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein


分子量: 29986.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0055610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SC21
#4: タンパク質 Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein


分子量: 27979.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0056790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCD1
#5: タンパク質 Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein


分子量: 43949.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0002870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZG4

-
Putative exosome ... , 2種, 2分子 HI

#8: タンパク質 Putative exosome complex protein


分子量: 38403.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0045080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S9A0
#9: タンパク質 Putative exosome 3'->5 protein


分子量: 23886.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0062250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SE33

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulphate 0.1M Sodium Acetate pH 5.5 10% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99994 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.81→48.9 Å / Num. obs: 29143 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 74.733 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Net I/σ(I): 5.01
反射 シェル解像度: 3.81→3.946 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 2793 / CC1/2: 0.586 / CC star: 0.86 / % possible all: 97.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 10, 2022データ削減
XSCALEJan 10, 2022データスケーリング
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
ISOLDEv1.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.81→48.9 Å / SU ML: 0.6154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2925 1454 5 %Random selection
Rwork0.2432 27670 --
obs0.2456 29114 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.81→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17656 0 0 0 17656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004217980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69224444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04522871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00443162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.81832491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.81-3.940.3881370.35462591X-RAY DIFFRACTION94.82
3.94-4.10.32051430.29182729X-RAY DIFFRACTION99.9
4.1-4.290.31961450.26432759X-RAY DIFFRACTION99.97
4.29-4.510.2971450.24352735X-RAY DIFFRACTION99.93
4.51-4.80.30531440.23132772X-RAY DIFFRACTION99.86
4.8-5.170.2571440.22062734X-RAY DIFFRACTION99.9
5.17-5.680.30031460.24692777X-RAY DIFFRACTION100
5.68-6.50.30761470.26842803X-RAY DIFFRACTION100
6.51-8.190.27781490.23432822X-RAY DIFFRACTION100
8.19-48.90.25971550.20452948X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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