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万見
- PDB-8r1o: Structure of C. thermophilum RNA exosome core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r1o
タイトルStructure of C. thermophilum RNA exosome core
要素
  • (Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing ...) x 3
  • (Putative exosome ...) x 2
  • Exoribonuclease-like protein
  • Exosome complex component MTR3
  • Ribosomal RNA-processing protein 40
  • Rrp45
キーワードRNA BINDING PROTEIN / nuclease / RNA degradation / RNA metabolism / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA processing / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 ...Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / : / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA-processing protein 42 / Ribosomal RNA-processing protein 40 / Ribosomal RNA-processing protein 43 / Uncharacterized protein / Putative exosome complex protein / Uncharacterized protein / Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein / Putative exosome 3'->5 protein / Exosome complex component MTR3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Lazzaretti, D. / Liebau, J. / Pilsl, M. / Sprangers, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SP 1324/3-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Beyond static structures: quantitative dynamics in the eukaryotic RNA exosome complex
著者: Liebau, J. / Lazzaretti, D. / Bichler, A. / Pilsl, M. / Sprangers, R.
履歴
登録2023年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rrp45
B: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
C: Exoribonuclease-like protein
D: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
E: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
F: Exosome complex component MTR3
G: Ribosomal RNA-processing protein 40
H: Putative exosome complex protein
I: Putative exosome 3'->5 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,7269
ポリマ－294,7269
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ACFG

#1: タンパク質 Rrp45


分子量: 32470.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0027490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S755
#3: タンパク質 Exoribonuclease-like protein


分子量: 39553.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0014300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1P1
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 30541.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: MTR3, CTHT_0115690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CT46
#7: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 27955.145 Da / 分子数: 1 / Mutation: G-1, A0 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0008000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZX8

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Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing ... , 3種, 3分子 BDE

#2: タンパク質 Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein


分子量: 29986.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0055610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SC21
#4: タンパク質 Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein


分子量: 27979.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0056790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCD1
#5: タンパク質 Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein


分子量: 43949.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0002870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZG4

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Putative exosome ... , 2種, 2分子 HI

#8: タンパク質 Putative exosome complex protein


分子量: 38403.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0045080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S9A0
#9: タンパク質 Putative exosome 3'->5 protein


分子量: 23886.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0062250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SE33

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA exosome core (Exo9) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.294 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-CodonPlus
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Na-Phosphate buffer pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
14 mMSodium phosphate (monobasic)NaH2PO41
216 mMSodium phosphate (dibasic)Na2HPO41
3300 mMSodium chlorideNaCl1
41 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 0.53 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample frozen directly after S200 size exclusion column
試料支持詳細: Grids were glow discharged twice at 15 mA, 0.39 mBar, for 100 seconds each time
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Sample volume 3 ul Wait time 5 s, Blot time 5 s, Delay time 0 s Force 12

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 200
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 6.5 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6579
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION4.0.1CTF補正
5CTFFIND4.1CTF補正
8UCSF ChimeraX1.1モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1-4487モデルフィッティング
11PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
12ISOLDE1.6モデル精密化
13Coot0.9.6モデル精密化
14RELION4.0.1初期オイラー角割当
15RELION4.0.1最終オイラー角割当
16RELION4.0.1分類
17RELION4.0.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2448810
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276958 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
ID 3D fitting-ID詳細Source nameタイプAccession codeInitial refinement model-ID
11multi-template models built using structures of homolog proteinsModellerin silico model
21AlphaFoldin silico modelAF-G0S755-F1,AF-G0SC21-F1,AF-G0S1P1-F1,AF-G0SCD1-F1,AF-G0RZG4-F1,AF-P0CT46-F1,AF-G0RZX8-F1,AF-G0S9A0-F1,AF-G0SE33-F12
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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