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- PDB-8pdi: The phosphatase and C2 domains of SHIP1 with covalent Z1763271112 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pdi
タイトルThe phosphatase and C2 domains of SHIP1 with covalent Z1763271112
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
キーワードHYDROLASE / ligand / phoshphatase / C2
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-polyphosphate 5-phosphatase / negative regulation of neutrophil differentiation / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / negative regulation of monocyte differentiation ...inositol-polyphosphate 5-phosphatase / negative regulation of neutrophil differentiation / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / negative regulation of monocyte differentiation / phosphatidylinositol dephosphorylation / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of bone resorption / positive regulation of B cell differentiation / negative regulation of B cell proliferation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / negative regulation of osteoclast differentiation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PECAM1 interactions / negative regulation of interleukin-6 production / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / regulation of immune response / negative regulation of signal transduction / positive regulation of erythrocyte differentiation / determination of adult lifespan / SH3 domain binding / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / apoptotic process / signal transduction / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SHIP1/2 second C2 domain / SHIP1/2 first C2 domain / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(5-phenyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)methanimine / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Moreira, T. / Pascoa, T.C. / Bountra, C. / Chalk, R. / von Delft, F. / Brennan, P.E. / Gileadi, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1U54AG065187-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Regulation of inositol 5-phosphatase activity by the C2 domain of SHIP1 and SHIP2.
著者: Bradshaw, W.J. / Kennedy, E.C. / Moreira, T. / Smith, L.A. / Chalk, R. / Katis, V.L. / Benesch, J.L.P. / Brennan, P.E. / Murphy, E.J. / Gileadi, O.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3015
ポリマ－52,8781
非ポリマー4244
水9,584532
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area20380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.498, 78.993, 89.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1 / Inositol polyphosphate-5-phosphatase D / Inositol polyphosphate-5-phosphatase of 145 kDa / SIP-145 ...Inositol polyphosphate-5-phosphatase D / Inositol polyphosphate-5-phosphatase of 145 kDa / SIP-145 / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 5-phosphatase / SH2 domain-containing inositol 5'-phosphatase 1 / SH2 domain-containing inositol phosphatase 1 / SHIP-1 / p150Ship / hp51CN


分子量: 52877.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPP5D, SHIP, SHIP1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92835, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase, inositol-polyphosphate 5-phosphatase, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-YBZ / (5-phenyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)methanimine


分子量: 189.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM MES/imidazole 20 % PEG 500 MME, 10% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→62.5 Å / Num. obs: 109198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5345 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.998 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→59.163 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.516 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 2038 1.868 %
Rwork0.146 107056 -
all0.147 --
obs-109094 99.983 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.198 Å20 Å2-0 Å2
2--0.299 Å20 Å2
3----0.101 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→59.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3721 0 25 532 4278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0124090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.6575590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6261.5748932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2835533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.8295.27818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.32101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4110751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg2.826101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg18.06610194
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1960.23444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21899
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.22139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2170.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.170.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8871.8831933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8831.8821933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5683.3942435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5683.3952436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1062.1712157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1052.1712158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9633.8453119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9633.8443120
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.13726.0794708
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.8422.9424561
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.6437926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.3-1.3340.3191340.28978540.28979910.9120.92999.96250.293
1.334-1.370.2881280.27376580.27377910.9350.94199.93580.273
1.37-1.410.2741240.24674230.24775490.9450.95499.97350.243
1.41-1.4530.2281420.21272380.21373830.9680.96799.95940.205
1.453-1.5010.2331200.18469750.18570970.9610.97799.97180.17
1.501-1.5540.2111470.16767950.16869420.970.9821000.149
1.554-1.6120.1831420.14165270.14266700.980.98799.9850.12
1.612-1.6780.1751290.12963170.1364460.9820.991000.108
1.678-1.7530.2031150.12260480.12361640.9790.99199.98380.101
1.753-1.8380.1761240.11958000.1259240.9780.9911000.099
1.838-1.9370.187990.11755050.11956050.9780.99299.98220.1
1.937-2.0550.1561110.11552320.11653430.9880.9941000.105
2.055-2.1960.199950.12649170.12850120.9770.9921000.116
2.196-2.3720.171900.12446080.12546980.9850.9921000.113
2.372-2.5980.169750.11542670.11543420.9840.9921000.104
2.598-2.9040.183620.12338640.12439260.980.9911000.112
2.904-3.3520.15670.12934340.1335010.9830.991000.121
3.352-4.1020.156540.12829310.12929850.9840.991000.122
4.102-5.7870.171460.15823090.15823550.9910.9911000.153
5.787-59.1630.346340.25513540.25813890.9520.97499.9280.245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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