PDB-8pdi: The phosphatase and C2 domains of SHIP1 with covalent Z1763271112

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pdi

タイトル

The phosphatase and C2 domains of SHIP1 with covalent Z1763271112

要素

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / ligand / phoshphatase / C2

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-polyphosphate 5-phosphatase / negative regulation of neutrophil differentiation / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Bradshaw, W.J. / Moreira, T. / Pascoa, T.C. / Bountra, C. / Chalk, R. / von Delft, F. / Brennan, P.E. / Gileadi, O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Regulation of inositol 5-phosphatase activity by the C2 domain of SHIP1 and SHIP2.
著者: Bradshaw, W.J. / Kennedy, E.C. / Moreira, T. / Smith, L.A. / Chalk, R. / Katis, V.L. / Benesch, J.L.P. / Brennan, P.E. / Murphy, E.J. / Gileadi, O.

履歴

登録	2023年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_database_status Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.2	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pdi.cif.gz	301.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pdi.ent.gz	184.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pdi_validation.pdf.gz	706.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pdi_full_validation.pdf.gz	708.8 KB	表示
XML形式データ	8pdi_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	8pdi_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5rw2C 5rw3C 5rw4C 5rw5C 5rw6C 5rw7C 5rw8C 5rw9C 5rwaC 5rwbC 5rwcC 5rwdC 5rweC 5rwfC 5rwgC 5rwhC 5rwiC 5rwjC 5rwkC 5rwlC 5rwmC 5rwnC 5rwoC 5rwpC 5rwqC 5rwrC 5rwsC 5rwtC 5rwuC 5rwvC 5rwwC 5rwxC 5rwyC 5rwzC 5rx0C 5rx1C 5rx2C 5rx3C 5rx4C 5rx5C 5rx6C 5rx7C 5rx8C 5rx9C 5rxaC 5rxbC 5rxcC 5rxdC 5rxeC 5rxfC 5rxgC 5rxhC 5rxiC 5rxjC 5rxkC 5rxlC 5rxmC 5rxoC 5rxpC 5rxqC 5rxrC 5rxsC 5rxtC 5rxuC 5rxvC 5rxwC 5rxxC 5rxyC 5rxzC 5ry0C 5ry1C 5ry2C 5ry3C 5ry4C 5ry5C 5ry6C 5ry7C 5ry8C 5ry9C 5ryaC 5rybC 5rycC 5rydC 5ryeC 5ryfC 5rygC 5ryhC 5ryiC 5ryjC 5rykC 5rylC 6ibdC 6xy7C 8pdgC 8pdhC 8pdjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1

ヘテロ分子

53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.498, 78.993, 89.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1 / Inositol polyphosphate-5-phosphatase D / Inositol polyphosphate-5-phosphatase of 145 kDa / SIP-145 ...Inositol polyphosphate-5-phosphatase D / Inositol polyphosphate-5-phosphatase of 145 kDa / SIP-145 / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 5-phosphatase / SH2 domain-containing inositol 5'-phosphatase 1 / SH2 domain-containing inositol phosphatase 1 / SHIP-1 / p150Ship / hp51CN 分子量: 52877.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPP5D, SHIP, SHIP1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92835, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase, inositol-polyphosphate 5-phosphatase, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-YBZ / (5-phenyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)methanimine 分子量: 189.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇N₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM MES/imidazole 20 % PEG 500 MME, 10% PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→62.5 Å / Num. obs: 109198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5345 / CC_1/2: 0.581 / R_pim(I) all: 0.998 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→59.163 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.516 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	2038	1.868 %
R_work	0.146	107056	-
all	0.147	-	-
obs	-	109094	99.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.077 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.198 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.299 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.101 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→59.163 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3721	0	25	532	4278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	1.657	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.626	1.574	8932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.283	5	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.829	5.278	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.32	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.41	10	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	2.826	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.066	10	194
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	696
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.206	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.887	1.883	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.883	1.882	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.568	3.394	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.568	3.395	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.106	2.171	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.105	2.171	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.963	3.845	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.963	3.844	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.137	26.079	4708
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.84	22.942	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.64	3	7926

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.319	134	0.289	7854	0.289	7991	0.912	0.929	99.9625	0.293
1.334-1.37	0.288	128	0.273	7658	0.273	7791	0.935	0.941	99.9358	0.273
1.37-1.41	0.274	124	0.246	7423	0.247	7549	0.945	0.954	99.9735	0.243
1.41-1.453	0.228	142	0.212	7238	0.213	7383	0.968	0.967	99.9594	0.205
1.453-1.501	0.233	120	0.184	6975	0.185	7097	0.961	0.977	99.9718	0.17
1.501-1.554	0.211	147	0.167	6795	0.168	6942	0.97	0.982	100	0.149
1.554-1.612	0.183	142	0.141	6527	0.142	6670	0.98	0.987	99.985	0.12
1.612-1.678	0.175	129	0.129	6317	0.13	6446	0.982	0.99	100	0.108
1.678-1.753	0.203	115	0.122	6048	0.123	6164	0.979	0.991	99.9838	0.101
1.753-1.838	0.176	124	0.119	5800	0.12	5924	0.978	0.991	100	0.099
1.838-1.937	0.187	99	0.117	5505	0.119	5605	0.978	0.992	99.9822	0.1
1.937-2.055	0.156	111	0.115	5232	0.116	5343	0.988	0.994	100	0.105
2.055-2.196	0.199	95	0.126	4917	0.128	5012	0.977	0.992	100	0.116
2.196-2.372	0.171	90	0.124	4608	0.125	4698	0.985	0.992	100	0.113
2.372-2.598	0.169	75	0.115	4267	0.115	4342	0.984	0.992	100	0.104
2.598-2.904	0.183	62	0.123	3864	0.124	3926	0.98	0.991	100	0.112
2.904-3.352	0.15	67	0.129	3434	0.13	3501	0.983	0.99	100	0.121
3.352-4.102	0.156	54	0.128	2931	0.129	2985	0.984	0.99	100	0.122
4.102-5.787	0.171	46	0.158	2309	0.158	2355	0.991	0.991	100	0.153
5.787-59.163	0.346	34	0.255	1354	0.258	1389	0.952	0.974	99.928	0.245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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