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- PDB-6xy7: Human SHIP1 with magnesium and phosphate bound to the active site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xy7
タイトルHuman SHIP1 with magnesium and phosphate bound to the active site
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
キーワードHYDROLASE / Phosphatidylinositol / phosphate / phosphatase / Alzheimer's Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-polyphosphate 5-phosphatase / negative regulation of neutrophil differentiation / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / negative regulation of monocyte differentiation ...inositol-polyphosphate 5-phosphatase / negative regulation of neutrophil differentiation / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / negative regulation of monocyte differentiation / phosphatidylinositol dephosphorylation / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of bone resorption / positive regulation of B cell differentiation / negative regulation of B cell proliferation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / negative regulation of osteoclast differentiation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PECAM1 interactions / negative regulation of interleukin-6 production / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / regulation of immune response / negative regulation of signal transduction / positive regulation of erythrocyte differentiation / determination of adult lifespan / SH3 domain binding / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / apoptotic process / signal transduction / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SHIP1/2 second C2 domain / SHIP1/2 first C2 domain / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains ...SHIP1/2 second C2 domain / SHIP1/2 first C2 domain / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.086 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Scacioc, A. / Fernandez-Cid, A. / Mckinley, G. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1U54AG065187-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Regulation of inositol 5-phosphatase activity by the C2 domain of SHIP1 and SHIP2.
著者: Bradshaw, W.J. / Kennedy, E.C. / Moreira, T. / Smith, L.A. / Chalk, R. / Katis, V.L. / Benesch, J.L.P. / Brennan, P.E. / Murphy, E.J. / Gileadi, O.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3817
ポリマ－52,8781
非ポリマー5046
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.500, 79.088, 89.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1 / Inositol polyphosphate-5-phosphatase of 145 kDa / SIP-145 / SH2 domain-containing inositol 5'- ...Inositol polyphosphate-5-phosphatase of 145 kDa / SIP-145 / SH2 domain-containing inositol 5'-phosphatase 1 / SHIP-1 / p150Ship / hp51CN


分子量: 52877.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPP5D, SHIP, SHIP1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92835, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase, inositol-polyphosphate 5-phosphatase, phosphoinositide 5-phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 495分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 10% PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.086→59.193 Å / Num. obs: 159826 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 26.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.093→1.14 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 2.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7907 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.48 / Rrim(I) all: 2.246 / % possible all: 59.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OKM

5okm


解像度: 1.086→59.193 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.277 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1587 1775 1.111 %
Rwork0.1358 --
all0.136 --
obs-159810 85.905 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.079 Å2-0 Å20 Å2
2---0.008 Å2-0 Å2
3----0.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.086→59.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 28 489 4221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.6495976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4651.5739508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4425594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75423.277235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.71115830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.4581522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.23709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21911
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.21921
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2230.239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1650.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8891.2922014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8811.292013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4811.9442554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4831.9462555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1271.5352331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1271.5352332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7092.2053356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7082.2053357
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.41616.054896
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.28315.4814780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.90138374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.093-1.1150.233140.2631789X-RAY DIFFRACTION13.203
1.115-1.1450.251810.2397481X-RAY DIFFRACTION56.9085
1.145-1.1780.197960.2049625X-RAY DIFFRACTION75.4092
1.178-1.2150.1951080.17910649X-RAY DIFFRACTION85.5495
1.215-1.2540.1941250.17510832X-RAY DIFFRACTION89.9073
1.254-1.2980.1951140.16310877X-RAY DIFFRACTION93.1599
1.298-1.3470.151180.15310906X-RAY DIFFRACTION96.8802
1.347-1.4020.2081350.14510574X-RAY DIFFRACTION97.603
1.402-1.4650.1581220.12910212X-RAY DIFFRACTION97.8228
1.465-1.5360.2261090.1499761X-RAY DIFFRACTION98.2676
1.536-1.6190.121180.1359326X-RAY DIFFRACTION98.3853
1.619-1.7170.136960.1038869X-RAY DIFFRACTION98.6357
1.717-1.8360.138930.0988409X-RAY DIFFRACTION98.941
1.836-1.9830.117960.17817X-RAY DIFFRACTION99.0735
1.983-2.1720.107690.1057254X-RAY DIFFRACTION99.4162
2.172-2.4270.149900.1096572X-RAY DIFFRACTION99.4774
2.427-2.8020.152710.125860X-RAY DIFFRACTION99.731
2.802-3.430.139560.1364993X-RAY DIFFRACTION99.8615
3.43-4.8430.186390.1383935X-RAY DIFFRACTION99.9748
4.843-59.1930.216250.2112295X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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