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- PDB-8pav: Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pav
タイトルCrystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit
キーワードTRANSFERASE / kinase / inhibitor / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hepatocyte apoptotic process / cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling ...positive regulation of hepatocyte apoptotic process / cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / Signaling by Hippo / organ growth / branching involved in blood vessel morphogenesis / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / keratinocyte differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / epithelial cell proliferation / central nervous system development / protein tetramerization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of protein binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein autophosphorylation / nuclear body / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Friberg, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and optimization of Azaindole based MAP4K1 Inhibitors and the discovery of BAY-405
著者: Friberg, A. / Mowat, J. / Offringa, R.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit
B: Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4887
ポリマ－71,1912
非ポリマー1,2965
水9,350519
1
A: Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1333
ポリマ－35,5961
非ポリマー5382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3554
ポリマ－35,5961
非ポリマー7593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.310, 104.966, 110.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit / MST1/N


分子量: 35595.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK4, KRS2, MST1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13043
#2: 化合物 ChemComp-XOZ / 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1,3-thiazol-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea


分子量: 445.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17F2N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.78 Å / Num. obs: 66175 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 23.89
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7973 / CC1/2: 0.846 / Rrim(I) all: 0.523 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.908 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21238 2100 3.2 %RANDOM
Rwork0.17604 ---
obs0.17717 64075 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4417 0 88 519 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.6656282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3151.58610220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4085560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09323.611216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87915816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4782.8352237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4782.8342236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34.232795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2994.2312796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1433.1992393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1423.1992394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4144.673487
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11954.65519764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.93853.97519210
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8562 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 100 -
Rwork0.252 3061 -
obs--61.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3673-0.1944-0.00630.8086-0.42731.0124-0.02710.0191-0.01930.034-0.0422-0.0887-0.07920.09760.06930.0628-0.0249-0.00610.01510.00550.0153-2.4872-0.9206-48.1565
20.41310.17220.01670.76960.11690.7190.016-0.00270.00540.02190.0324-0.08620.03530.1124-0.04840.05280.0286-0.00570.0285-0.01070.0131-1.16862.4703-14.0556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2B14 - 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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