PDB-8pau: Crystal structure of MAP4K1 with a SMOL inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pau

タイトル

Crystal structure of MAP4K1 with a SMOL inhibitor

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / kinase / inhibitor / drug discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Friberg, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of BAY-405: An Azaindole-Based MAP4K1 Inhibitor for the Enhancement of T-Cell Immunity against Cancer.
著者: Mowat, J. / Carretero, R. / Leder, G. / Aiguabella Font, N. / Neuhaus, R. / Berndt, S. / Gunther, J. / Friberg, A. / Schafer, M. / Briem, H. / Raschke, M. / Miyatake Ondozabal, H. / Buchmann, ...

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pau.cif.gz	235.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pau.ent.gz	191.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8parC 8pasC 8pavC 8pawC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.983, 99.904, 61.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1 分子量: 32305.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-XOR / [(5~{R})-2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]amino]-5-fluoranyl-4,6-dihydro-1,3-oxazin-5-yl]methanol 分子量: 460.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₄F₆N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: NOT DISCLOSED

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.46 Å / Num. obs: 17639 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 63.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.063 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.8→3.05 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique obs: 3972 / CC_1/2: 0.927 / R_rim(I) all: 0.511 / R_sym value: 0.428 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→47.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 51.042 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2723	794	4.5 %	RANDOM
R_work	0.21667	-	-	-
obs	0.21928	16844	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.824 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.96 Å²	0 Å²	-2.13 Å²
2-	-	-3.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4366	0	64	17	4447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.657	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.253	1.594	10170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.507	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.854	22.381	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.087	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.361	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.824	3.287	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.822	3.285	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.126	4.915	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.126	4.918	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.819	3.472	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.818	3.474	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.08	5.154	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.846	37.996	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.848	38.015	4959
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8576 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	38	-
R_work	0.323	1258	-
obs	-	-	99.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4108	-1.2995	-0.0391	8.8895	3.436	3.4146	0.2522	-0.1325	0.6577	-0.1896	-0.0614	0.6161	-0.9332	-0.0036	-0.1909	0.9808	0.0008	0.0786	0.5144	0.0145	1.1766	-34.5502	4.9983	-27.1932
2	1.2646	2.1194	1.3862	6.4807	2.9221	1.6554	0.0643	0.1499	0.0461	0.534	-0.116	0.1476	0.1814	0.0136	0.0517	0.4735	-0.0492	-0.0111	0.5538	-0.0202	0.4473	-10.6468	13.0236	-18.3726
3	3.5076	0.2914	0.9969	3.7728	0.2413	3.4319	0.006	0.0449	-0.0319	-0.0393	0.0586	-0.2588	-0.1007	0.1166	-0.0645	0.3805	-0.0097	-0.2331	0.0081	-0.0186	0.2505	-15.2158	-14.1482	-27.011
4	2.9399	3.2494	-0.0696	7.6919	-1.0564	1.3781	-0.1166	-0.0973	-0.9927	0.5985	-0.0633	-0.0642	0.6789	-0.1344	0.18	1.2605	0.0391	0.0973	0.5531	0.0431	1.1462	-4.7815	7.7281	9.5772
5	3.405	5.7669	3.5345	11.1702	5.9411	3.6822	-0.0325	-0.1394	0.2489	-0.1068	-0.2385	0.8366	-0.0642	-0.0647	0.2709	0.5485	-0.0476	-0.1178	0.5766	-0.0696	0.5427	-8.4656	-0.2926	-15.6339
6	2.8811	0.1939	1.0635	3.7396	0.4189	4.2625	-0.0166	0.0775	-0.1142	-0.247	0.0439	-0.1029	-0.0061	0.019	-0.0273	0.299	-0.0152	-0.2725	0.0112	-0.0173	0.3614	-0.9623	26.8783	-9.351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	156 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	192 - 999
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	156 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	94 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	192 - 999

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)