PDB-8pai: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pai

タイトル

Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] N2-methyl-2-aminoethenoadenosine

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / adenylylsulfatase activity / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / sulfur compound metabolic process / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of calcium-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel inhibitors for hHINT1 protein
著者: Dillenburg, M. / Dolot, R. / Wagner, C.R.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pai.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pai.ent.gz	48.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pai.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pai_validation.pdf.gz	786.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pai_full_validation.pdf.gz	788 KB	表示
XML形式データ	8pai_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8pai_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pai	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p8pC 8pa6C 8pa9C 8pafC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.675, 46.434, 63.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.624, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-XKO / 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] N2-methyl-2-aminoethenoadenosine / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[5-(methylamino)imidazo[2,1-f]purin-3-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoyl]sulfamate 分子量: 570.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₈O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.041 Å / Num. obs: 21127 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 10 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.369 / Num. unique obs: 1216 / CC_1/2: 0.893 / R_pim(I) all: 0.226 / R_rim(I) all: 0.435 / Χ²: 0.84 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro	1.171.42.80a	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→19.041 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.504 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	982	4.651 %
R_work	0.1494	20130	-
all	0.151	-	-
obs	-	21112	99.688 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.439 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.55 Å²	0 Å²	-0.247 Å²
2-	-	-0.729 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.771 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.041 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1767	0	40	238	2045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.658	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.531	1.602	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.63	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.732	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.207	10	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.498	10	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.259	1.235	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.256	1.234	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.973	2.213	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.972	2.212	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.205	1.557	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.205	1.557	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.332	2.756	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.33	2.756	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.811	15.242	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.598	14.018	2317

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.846	0.223	78	0.192	1443	0.194	1524	0.97	0.975	99.8031	0.17
1.846-1.896	0.259	68	0.175	1431	0.179	1500	0.961	0.977	99.9333	0.149
1.896-1.951	0.204	81	0.16	1388	0.162	1470	0.975	0.983	99.932	0.136
1.951-2.01	0.183	77	0.157	1338	0.159	1415	0.976	0.983	100	0.134
2.01-2.075	0.227	68	0.152	1296	0.156	1365	0.967	0.985	99.9267	0.132
2.075-2.147	0.205	64	0.152	1293	0.155	1358	0.978	0.986	99.9264	0.132
2.147-2.227	0.165	59	0.137	1221	0.138	1280	0.983	0.988	100	0.122
2.227-2.317	0.193	59	0.131	1189	0.134	1250	0.978	0.989	99.84	0.115
2.317-2.418	0.166	59	0.128	1137	0.13	1197	0.981	0.99	99.9165	0.114
2.418-2.534	0.17	48	0.138	1089	0.14	1137	0.981	0.988	100	0.12
2.534-2.669	0.195	53	0.142	1035	0.144	1089	0.98	0.988	99.9082	0.125
2.669-2.827	0.195	45	0.136	991	0.139	1036	0.98	0.989	100	0.121
2.827-3.018	0.251	36	0.137	945	0.141	981	0.963	0.988	100	0.128
3.018-3.253	0.155	35	0.141	873	0.141	908	0.985	0.988	100	0.133
3.253-3.553	0.175	28	0.145	799	0.146	833	0.983	0.987	99.2797	0.138
3.553-3.955	0.151	33	0.146	731	0.146	766	0.986	0.988	99.7389	0.145
3.955-4.534	0.161	26	0.128	657	0.13	690	0.989	0.99	98.9855	0.128
4.534-5.476	0.171	24	0.169	550	0.169	580	0.98	0.986	98.9655	0.166
5.476-7.443	0.236	36	0.219	438	0.221	474	0.967	0.976	100	0.218
7.443-19.041	0.274	5	0.189	286	0.191	302	0.984	0.981	96.3576	0.198

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