PDB-8pa6: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pa6

タイトル

Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2025
タイトル: HINT1 Inhibitors as Selective Modulators of MOR-NMDAR Cross-Regulation and Non-Opioid Analgesia.
著者: Dillenburg, M. / Peterson, C.D. / Dolot, R. / Ligori, K. / Kitto, K.F. / Wilcox, G.L. / Fairbanks, C.A. / Wagner, C.R.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pa6.cif.gz	74.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pa6.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pa6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pa6_validation.pdf.gz	700.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pa6_full_validation.pdf.gz	700.8 KB	表示
XML形式データ	8pa6_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	8pa6_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p8pC 8pa9C 8pafC 8paiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.845, 46.324, 63.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.799, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-355- HOH

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-XKB / 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanylimidazo[2,1-f]purin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]carbamate 分子量: 492.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→19.101 Å / Num. obs: 31671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 8.2 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1554 / CC_1/2: 0.742 / R_pim(I) all: 0.396 / R_rim(I) all: 0.775 / Χ²: 1.07 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro	1.171.41.123a	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→19.101 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.78 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	1625	5.131 %
R_work	0.1474	30046	-
all	0.15	-	-
obs	-	31671	99.912 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.824 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.397 Å²	0 Å²	-0.114 Å²
2-	-	-0.473 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.893 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→19.101 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1766	0	36	390	2192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.652	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.547	1.599	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.217	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.088	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.143	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.214	10	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.953	10	83
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.091	1.026	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.09	1.026	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.705	1.84	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.704	1.84	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.656	1.177	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.656	1.177	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.558	2.081	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.558	2.08	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.488	14.622	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.783	11.286	2324

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.58-1.621	0.247	113	0.239	2187	0.24	2300	0.946	0.954	100	0.215
1.621-1.665	0.236	108	0.221	2141	0.222	2249	0.958	0.962	100	0.193
1.665-1.713	0.245	116	0.207	2083	0.209	2199	0.953	0.969	100	0.177
1.713-1.765	0.229	140	0.186	2030	0.189	2170	0.964	0.975	100	0.153
1.765-1.822	0.2	125	0.175	1911	0.176	2036	0.967	0.978	100	0.144
1.822-1.886	0.243	112	0.169	1894	0.173	2006	0.962	0.981	100	0.14
1.886-1.956	0.178	73	0.152	1845	0.153	1918	0.981	0.984	100	0.127
1.956-2.035	0.177	82	0.139	1786	0.141	1868	0.98	0.988	100	0.119
2.035-2.125	0.209	82	0.147	1699	0.15	1782	0.972	0.987	99.9439	0.126
2.125-2.227	0.174	87	0.133	1640	0.135	1727	0.982	0.989	100	0.114
2.227-2.346	0.168	69	0.124	1560	0.126	1629	0.98	0.99	100	0.106
2.346-2.485	0.165	62	0.124	1481	0.126	1543	0.982	0.99	100	0.106
2.485-2.654	0.153	69	0.121	1392	0.123	1461	0.984	0.991	100	0.105
2.654-2.862	0.176	71	0.13	1302	0.132	1373	0.979	0.99	100	0.113
2.862-3.128	0.178	72	0.128	1173	0.131	1245	0.982	0.99	100	0.114
3.128-3.486	0.151	73	0.121	1079	0.123	1152	0.986	0.992	100	0.113
3.486-4.003	0.185	51	0.125	965	0.128	1016	0.982	0.991	100	0.119
4.003-4.849	0.16	34	0.116	833	0.117	867	0.985	0.992	100	0.111
4.849-6.647	0.257	63	0.169	641	0.177	704	0.976	0.987	100	0.162
6.647-19.101	0.169	23	0.181	404	0.18	430	0.984	0.981	99.3023	0.171

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