PDB-8pa9: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pa9

タイトル

Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl N2-methyl-2-aminoethenoadenosine

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel inhibitors for hHINT1 protein
著者: Dillenburg, M. / Dolot, R. / Wagner, C.R.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pa9.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pa9.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pa9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p8pC 8pa6C 8pafC 8paiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.597, 46.314, 64.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.707, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-XKF / 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl N2-methyl-2-aminoethenoadenosine / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[5-(methylamino)imidazo[2,1-f]purin-3-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]carbamate 分子量: 506.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→18.451 Å / Num. obs: 36820 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1815 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.315 / R_rim(I) all: 0.598 / Χ²: 1.03 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro	1.171.42.80a	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→18.451 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.429 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	1878	5.101 %
R_work	0.149	34937	-
all	0.151	-	-
obs	-	36815	99.702 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.353 Å²	0 Å²	-0.171 Å²
2-	-	-0.48 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.834 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	37	332	2131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.652	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.605	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.14	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.742	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.721	10	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.715	10	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.264	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.213	1.04	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.21	1.04	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.934	1.867	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.933	1.867	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.877	1.326	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.877	1.326	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.881	2.332	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.88	2.332	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.051	15.092	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.721	12.329	2593

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.252	136	0.23	2527	0.231	2698	0.955	0.956	98.7027	0.2
1.539-1.581	0.244	142	0.208	2484	0.21	2649	0.955	0.965	99.1317	0.178
1.581-1.626	0.231	125	0.184	2426	0.187	2556	0.97	0.974	99.8044	0.157
1.626-1.676	0.183	120	0.183	2343	0.183	2470	0.979	0.975	99.7166	0.154
1.676-1.73	0.245	117	0.173	2290	0.176	2407	0.958	0.979	100	0.146
1.73-1.79	0.219	112	0.167	2221	0.17	2333	0.971	0.981	100	0.14
1.79-1.857	0.185	109	0.158	2142	0.159	2251	0.976	0.983	100	0.133
1.857-1.932	0.178	90	0.148	2080	0.149	2171	0.979	0.985	99.9539	0.126
1.932-2.017	0.172	106	0.142	1979	0.144	2085	0.981	0.987	100	0.125
2.017-2.114	0.189	111	0.139	1878	0.142	1989	0.976	0.988	100	0.126
2.114-2.227	0.155	103	0.128	1801	0.129	1904	0.985	0.99	100	0.116
2.227-2.36	0.135	84	0.113	1707	0.114	1791	0.987	0.992	100	0.104
2.36-2.52	0.17	83	0.133	1622	0.135	1706	0.983	0.989	99.9414	0.121
2.52-2.718	0.226	71	0.144	1517	0.148	1588	0.966	0.987	100	0.136
2.718-2.971	0.201	84	0.131	1360	0.135	1444	0.978	0.989	100	0.126
2.971-3.311	0.163	82	0.134	1268	0.135	1350	0.984	0.989	100	0.131
3.311-3.802	0.173	84	0.136	1111	0.139	1196	0.982	0.99	99.9164	0.139
3.802-4.608	0.091	48	0.118	958	0.116	1008	0.994	0.992	99.8016	0.124
4.608-6.323	0.185	47	0.164	752	0.165	800	0.986	0.987	99.875	0.168
6.323-18.451	0.136	24	0.196	472	0.192	503	0.988	0.979	98.6084	0.207

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