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万見
- PDB-8p98: BtuB3G3 bound to cyanocobalamin with ordered EL8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p98
タイトルBtuB3G3 bound to cyanocobalamin with ordered EL8
要素
  • Putative surface layer protein
  • Vitamin B12 transporter BtuB
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Cyanocobalamin (シアノコバラミン) / transporter (運搬体タンパク質) / lipoprotein (リポタンパク質) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
シアノコバラミン / Vitamin B12 transporter BtuB / Surface layer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Silale, A. / Abellon-Ruiz, J. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /
要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition for this keystone micronutrient is severe. Contrasting with Enterobacteria, members of the dominant genus Bacteroides often encode several BtuB vitamin B outer membrane transporters together with a conserved array of surface-exposed B-binding lipoproteins. Here we show that the BtuB transporters from Bacteroides thetaiotaomicron form stable, pedal bin-like complexes with surface-exposed BtuG lipoprotein lids, which bind B with high affinities. Closing of the BtuG lid following B capture causes destabilisation of the bound B by a conserved BtuB extracellular loop, causing translocation of the vitamin to BtuB and subsequent transport. We propose that TonB-dependent, lipoprotein-assisted small molecule uptake is a general feature of Bacteroides spp. that is important for the success of this genus in colonising the human gut.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting_list / Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 transporter BtuB
B: Putative surface layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6923
ポリマ－122,3352
非ポリマー1,3561
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12 transporter BtuB


分子量: 81169.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: btuB_6
発現宿主: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0P0F201
#2: タンパク質 Putative surface layer protein /


分子量: 41165.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A5Z1
#3: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN / シアノコバラミン


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.122 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPES1
2100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The protein complex was purified in lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Prior to making grids, the sample was subjected to size exclusion chromatography without LMNG in the mobile phase ...詳細: The protein complex was purified in lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Prior to making grids, the sample was subjected to size exclusion chromatography without LMNG in the mobile phase to separate protein-LMNG complexes from free LMNG.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 35.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9826
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1.2粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.1.2CTF補正
7PHENIX1.20.1_4487モデルフィッティング
9cryoSPARC4.1.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.1.2３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3311038
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66318 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18OKV

8okv

B8OKVB1PDBexperimental model
2AAlphaFoldin silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 110.43 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00328048
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.531810944
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04461145
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00351382
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.45221090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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