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- PDB-8p7j: Crystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL96 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p7j
タイトルCrystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL96
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Covalent / inhibitor / MAP2K6
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of prostaglandin secretion / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / p38MAPK cascade ...cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of prostaglandin secretion / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / p38MAPK cascade / PI5P Regulates TP53 Acetylation / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / signal transduction in response to DNA damage / cardiac muscle contraction / stress-activated MAPK cascade / regulation of signal transduction by p53 class mediator / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / response to ischemia / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / PKR-mediated signaling / Interleukin-1 signaling / osteoblast differentiation / MAPK cascade / cellular senescence / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X3K / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, G.Q. / Seidler, N. / Roehm, S. / Gehringer, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL96
著者: Wang, G.Q. / Seidler, N. / Roehm, S. / Gehringer, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0264
ポリマ－65,5002
非ポリマー5272
水63135
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0132
ポリマ－32,7501
非ポリマー2631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0132
ポリマ－32,7501
非ポリマー2631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.712, 96.920, 104.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase ...MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase 3 / SAPK kinase 3 / SAPKK-3 / SAPKK3


分子量: 32749.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K6, MEK6, MKK6, PRKMK6, SKK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-X3K / N-[3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)phenyl]prop-2-enamide / N-(3-(1h-pyrrolo[2,3-B]pyridin-4-yl)phenyl)acrylamide


分子量: 263.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05M magnesium chloride -- 30% PEG500MME -- 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.72 Å / Num. obs: 27286 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 2822 / CC1/2: 0.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.778 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25744 1287 4.7 %RANDOM
Rwork0.19557 ---
obs0.19853 25961 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å20 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4407 0 0 35 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.6456178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5531.57110227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.425563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.3866.11127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32610830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5595.4042261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.5585.4022260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.9449.6982821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.9439.6992822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4535.8452309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4515.8452310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.28410.5063358
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.56852.45136
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.56852.45135
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 85 -
Rwork0.272 1891 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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