PDB-8p5l: Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound MRT67307

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5l

タイトル

Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound MRT67307

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE / Autophagy / Unc-like 1 kinase / KCGS

機能・相同性

機能・相同性情報

neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.836 Å

データ登録者

Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of ULK1 in complex with KCGS compounds
著者: Battista, T. / Semrau, M.S. / Lolli, G. / Storici, P.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5l.cif.gz	242.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5l.ent.gz	193.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p5l_validation.pdf.gz	920.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p5l_full_validation.pdf.gz	925.4 KB	表示
XML形式データ	8p5l_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	8p5l_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p5gC 8p5hC 8p5iC 8p5jC 8p5kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.600, 152.600, 206.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-552- HOH

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32121.098 Da / 分子数: 2 / 変異: R245A, E246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-1FV / N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide / MRT67307 分子量: 464.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₆N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.79 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.3-0.8 M NaAcetate pH 6, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.836→111.255 Å / Num. obs: 79997 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.836→1.867 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3987 / CC_1/2: 0.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.836→111.255 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.611 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2113	4146	5.183 %
R_work	0.1756	75851	-
all	0.177	-	-
obs	-	79997	99.545 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.235 Å²	-0.118 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.235 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.836→111.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4296	0	72	446	4814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.655	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.554	1.578	10500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.069	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.457	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.956	10	850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.165	10	205
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.077	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.449	3.118	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.449	3.118	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.761	5.569	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.76	5.571	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.684	3.667	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.683	3.669	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.212	6.462	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.211	6.464	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.195	30.202	5263
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.119	29.235	5121

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.836-1.883	0.314	339	0.279	5534	0.281	5877	0.938	0.95	99.9319	0.263
1.883-1.935	0.395	282	0.383	5256	0.384	5755	0.905	0.902	96.2294	0.363
1.935-1.991	0.271	304	0.234	5328	0.236	5636	0.95	0.963	99.929	0.205
1.991-2.052	0.25	245	0.202	5146	0.205	5392	0.96	0.973	99.9815	0.175
2.052-2.119	0.253	274	0.236	4965	0.237	5283	0.953	0.959	99.1671	0.201
2.119-2.194	0.227	266	0.181	4827	0.184	5093	0.966	0.979	100	0.155
2.194-2.277	0.315	240	0.239	4612	0.242	4940	0.932	0.96	98.2186	0.199
2.277-2.369	0.202	242	0.175	4492	0.177	4734	0.974	0.981	100	0.151
2.369-2.475	0.213	223	0.164	4330	0.167	4553	0.971	0.983	100	0.143
2.475-2.595	0.204	211	0.162	4151	0.164	4362	0.977	0.984	100	0.142
2.595-2.736	0.218	225	0.167	3914	0.17	4139	0.97	0.983	100	0.149
2.736-2.902	0.212	219	0.17	3706	0.173	3925	0.971	0.982	100	0.157
2.902-3.102	0.198	204	0.166	3504	0.168	3708	0.977	0.984	100	0.161
3.102-3.35	0.2	190	0.173	3253	0.174	3443	0.975	0.984	100	0.17
3.35-3.67	0.203	169	0.175	3001	0.177	3172	0.98	0.986	99.937	0.178
3.67-4.102	0.159	146	0.14	2752	0.141	2902	0.985	0.989	99.8622	0.15
4.102-4.736	0.15	113	0.122	2453	0.123	2566	0.987	0.991	100	0.139
4.736-5.797	0.215	117	0.156	2057	0.159	2174	0.983	0.99	100	0.175
5.797-8.188	0.196	86	0.167	1630	0.169	1716	0.981	0.987	100	0.188
8.188-111.255	0.169	51	0.163	940	0.163	993	0.98	0.984	99.7986	0.201

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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